science
Structures d’assemblage prédites à l’échelle de l’univers protéique connu
Algorithme de clustering structurel
La procédure de clustering est similaire à la procédure de clustering de MMseqs2, mais au lieu d’utiliser des séquences, l’alphabet 3D Foldseek (Extended Data Figure 1) a été utilisé pour représenter les structures sous forme de séquences 1D. L’algorithme de clustering combine Linclust17 et la cascade MMseqs2 (réf. 42) Réunis. Le pipeline applique cette stratégie pour permettre l’assemblage efficace de millions de structures. Tout d’abord, les structures protéiques sont converties en séquences 3D et traitées selon le flux de travail Linclust. Cela inclut l’extraction M K-Mers (par défaut M= 300, K= 10) de chaque séquence et regroupez-les en fonction de leur valeur de hachage. le KLes clusters -mer sont ensuite utilisés pour mapper chaque structure à la séquence (représentative) la plus longue du cluster. Le diamètre commun qu’il a KLe -mer trouvé est également stocké pour une utilisation ultérieure lors de l’étape d’alignement.
Le pipeline utilise ensuite un algorithme d’alignement inexploité qui réenregistre les structures en fonction du diamètre partagé entre les membres et les représentants à l’aide d’informations 3D et d’acides aminés. Séquences qui répondent aux critères d’alignement spécifiés, par exemple H-valeur, couverture d’alignement, identité de séquence, alignement LDDT43 Ou qualité TM44, sont regroupés à l’aide du module de clustering MMseqs2 (par défaut, à l’aide de l’algorithme de clustering wrapper). Après cette étape, les structures déjà cartographiées sont supprimées de l’ensemble et les scores des membres représentatifs restants sont alignés à l’aide de l’algorithme structurel Gotoh – Smith – Waterman de Foldseek.15,Tous les résultats de réussite sont également agrégés. Les représentants de l’ensemble restants sont successivement assemblés à travers trois étapes successives de pré-filtrage, d’alignement structurel Smith-Waterman et de regroupement.
Distinguer les homologues de leurs homologues
La similarité structurelle entre deux séquences peut être attribuée soit à un ancêtre évolutif commun (homologues), soit à une évolution convergente (paralogues). Nous avons étudié les relations entre les membres du groupe, qui sont calculées par notre pipeline sur la base de la similarité structurelle et des relations d’homologie à l’aide de la base de données ECOD.24. ECOD est une base de données de domaines hiérarchiques qui décrit les relations évolutives entre des paires de domaines protéiques. Leurs niveaux hiérarchiques sont classés de la racine à la feuille comme suit : groupe A (même structure), groupe X (homologie potentielle), groupe H (homologie), groupe T (topologie) et groupe F (similitude de séquence). Des homologues devraient se produire entre les membres de différents groupes X, tandis que des homologues devraient être trouvés au sein du groupe H.
Pour notre benchmark, nous avons téléchargé la base de données PDB ECOD (F99 v.20230309) et appliqué la même procédure de clustering MMseqs2 et Foldseek que celle utilisée pour AFDB. Nous avons effectué une analyse de pureté des clusters ECOD sur tous les clusters non uniques en mesurant la cohérence des membres du cluster par paire à différents niveaux hiérarchiques. L’analyse a révélé des taux de cohérence moyens élevés de 99,6 %, 98,6 %, 97,4 %, 96,8 % et 72,8 % pour le groupe A, le groupe X, le groupe H, le groupe T et le groupe F, respectivement. Cela indique un regroupement efficace des protéines homologues, indiquant une discrimination presque exclusive entre homologues et paralogues. La grande cohérence de nos groupes est principalement due à la rigueur H-Valeur 10-2; Lorsqu’elles sont portées à 10, les stabilités diminuent respectivement à 69,7%, 55,7%, 53,3%, 51,9% et 36,6%. Un résultat similaire a été observé en utilisant la base de données MALISAM45, une base de données à domaine unique de domaines protéiques similaires. Lorsque 260 structures protéiques sont regroupées dans la base de données MALISAM avec les paramètres Foldseek par défaut, aucun regroupement d’homologues ne se produit. Cependant, si l’on augmente H-valeur seuil, nous commençons à former des groupes contenant des analogues.
Analyse de pureté de masse
Pour évaluer la pureté des clusters, nous avons suivi une approche en deux étapes. Tout d’abord, nous avons calculé le score moyen LDDT et TM pour chaque groupe afin d’évaluer la similarité structurelle. Pour cela, nous avons aligné l’acteur avec les membres de l’ensemble à l’aide du module Structurealign -e INF -a dans Foldseek et avons rapporté le résultat de l’alignement LDDT et TM en utilisant –format-output lddt,alntmscore. Pour chaque groupe, nous avons calculé la moyenne indiquée dans la figure 1c.
Deuxièmement, nous avons évalué la cohérence Pfam de chaque groupe à l’aide des étiquettes Pfam obtenues auprès d’UniProtKB. Nous avons uniquement considéré les clusters contenant au moins deux séquences avec des annotations Pfam et calculé la fraction de domaines Pfam correctement couverts pour toutes les paires de séquences Pfam en ignorant l’auto-comparaison. Nous définissons les vrais positifs comme une paire de domaines Pfam appartenant au même clan. Pour chaque paire, nous avons calculé les scores de cohérence en fonction du nombre de vrais positifs divisé par le nombre de Pfam dans la séquence de référence. Enfin, nous avons calculé les scores totaux moyens de la paire. Cette approche nous a permis de déterminer la proportion de séquences au sein d’un groupe donné partageant la même annotation Pfam.
Enfin, nous avons également calculé la cohérence du numéro EC pour chaque groupe. Les numéros EC ont été extraits d’UniProtKB. La cohérence EC a été évaluée de la même manière que la cohérence Pfam, mais a été réalisée quatre fois selon les quatre catégories de numéros EC. Nous avons uniquement considéré les clusters contenant au moins deux séquences contenant des annotations EC. Dans chaque catégorie de numéro CE, les annotations qui ne contenaient aucun symbole dans la catégorie étaient ignorées. Pour chaque paire de cohérence Pfam, les scores de cohérence ont été calculés en divisant le nombre de vrais positifs par le nombre de CE dans les séquences de la paire, évitant ainsi toute comparaison subjective. Les scores ont finalement été calculés sur la moyenne des scores totaux des paires.
Amas sombres et LCA
Pour éliminer les clusters similaires aux structures empiriques précédemment connues, nous avons effectué une recherche à l’aide de Foldseek sur le PDB (version 2022-10-14) pour chaque représentant de cluster, avec H– Valeur seuil 0,1. Nous avons ensuite exclu les clusters annotés par les plages Pfam en recherchant des représentants de cluster à l’aide de MMseqs2 avec les paramètres -s 7,5 –max-seqs 100000 -e 0,001 par rapport à la base de données Pfam. Enfin, nous avons supprimé les clusters contenant des membres annotés avec Pfam ou TIGRFAM20 dans les bases de données UniProt/TrEMBL et SwissProt. Pour déterminer l’ACV pour chaque groupe, nous avons utilisé le module LCA de MMseqs2 (réf. 46) Catégories rejetées (1) 12 908 séquences non classées et (2) 28 384 autres séquences. Nous avons visualisé les résultats de l’ACV à l’aide d’un tracé Sankey généré par Pavian47.
Prévision des emplois et des poches
Nous avons prédit les sites de liaison de petites molécules pour les membres représentatifs du groupe sombre en adaptant l’approche décrite précédemment.9. Nous avons utilisé AutoSite pour prédire les poches48et des poches sélectionnées avec un score composite empirique AutoSite > 60 et des résidus de poche pLDDT moyens > 90 pour des analyses supplémentaires. Pour attribuer une fonction putative et prédire les résidus catalytiques, nous avons utilisé DeepFRI49 Prédire les termes GO/EC enrichis et les poids d’importance des niveaux de résidus dans les catégories GO/EC disponibles (BP, CC, EC, MF). Les prédictions sinusoïdales et fonctionnelles ont ensuite été inspectées visuellement à l’aide d’une application Web (disponibilité des données).
Prédiction de domaine à partir de l’alignement local
Tout d’abord, nous avons filtré les résultats Foldseek avec des scores faibles à l’aide d’un H-Valeur 10-3 Comme seuil. Nous avons identifié les positions potentielles des limites de domaine pour chaque séquence protéique en regroupant les positions de début et d’arrêt (regroupement hiérarchique, paramètre de hauteur 250 pour créer des clusters). Les domaines prédits ont ensuite été liés à d’autres sur la base de similitudes structurelles, les scores les plus élevés étant conservés lorsque des doublons étaient trouvés. Le réseau résultant a ensuite été coupé, à l’exception des connexions vers celui-ci. H-La valeur est supérieure à 10-5Domaines prédits contenant > 350 acides aminés et composants connectés avec moins de 5 nœuds. Nous avons appliqué un clustering basé sur des graphiques (piège, 6 étapes), en conservant les communautés d’au moins 5 membres. Chaque domaine prédit au sein des communautés identifiées a été annoté à l’aide des régions Pfam-A mappées sur les identifiants UniProt (version 35.0), et plus de 75 % du domaine Pfam devrait chevaucher le domaine prédit. Nous avons calculé la fréquence des commentaires Pfam au sein de chaque communauté et les avons sélectionnés en fonction de la plus élevée. En raison de sa taille, nous avons décidé d’exclure une population de l’analyse suivante contenant 152 959 structures (cluster ID 1 ; 1, voir Fichiers supplémentaires dans https://cluster.foldseek.com/). Nous avons relié les communautés restantes sur la base de similitudes de structure, permettant ainsi des connexions avec A. s< 10-3.
Une base de données d’Internet
Nous avons développé un serveur Web pour permettre une exploration conviviale des groupes, de leurs membres et des groupes similaires associés. Le serveur a été implémenté à l’aide d’une architecture client-serveur basée sur REST, avec un front-end VueJS et un back-end NodeJS. Les informations relatives à l’assemblage sont accessibles via la base de données SQLite et les informations sur les structures individuelles sont accessibles via des bases de données compatibles Foldseek via une extension NodeJS basée sur C++ pour une lecture et une recherche rapides. Semblable au serveur Web Foldseek, nous avons utilisé NGL50 Pour visualiser les architectures et les versions basées sur WebAssembly de PULCHRA51 Récupérer des structures protéiques complètes à partir de nos traces C-alpha stockées et de l’alignement TM afin d’aligner la structure par paires des membres du groupe avec leurs représentants. Pour visualiser la distribution taxonomique, nous avons implémenté des diagrammes Sankey inspirés de Bafian. Les groupes peuvent être trouvés via les adhésions de membres UniProt, via une recherche Foldseek sur des groupes similaires ou en recherchant des termes GO. Les membres individuels de l’ensemble peuvent être explorés plus en détail via des liens vers UniProt, le serveur Web Foldseek et l’Atlas UniProt3D.52.
Résumé des rapports
Plus d’informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé du rapport Nature Portfolio lié à cet article.
« Spécialiste de la télévision sans vergogne. Pionnier des zombies inconditionnels. Résolveur de problèmes d’une humilité exaspérante. »
29 août 2024
Le chef du commandement spatial américain espère que la prochaine fois que la Chine lancera un missile laissant derrière elle des débris spatiaux de longue durée, Pékin avertira Washington à l’avance, plutôt que de laisser les États-Unis découvrir par eux-mêmes le chaos orbital.
Parlez dans L’efficacité du Mitchell Institute for Aerospace Studies Lors d’une réunion à la base spatiale Peterson, au Colorado, le 28 août, le général Stephen N. Whiting a souligné deux incidents récents impliquant des débris spatiaux chinois comme étant une source de préoccupation et la nécessité d’améliorer la communication à l’avenir.
« Nous venons de voir le lancement de leur version de Constellation du soleil « Cela a laissé plus de 300 débris en orbite – une fusée Longue Marche 6A », a déclaré Whiting. « Il y a moins de deux ans, ils avaient une autre fusée, qui a mis plus de 500 débris à longue durée de vie… J’espère que la prochaine fois. que « Dans un missile comme celui-ci, il laisse beaucoup de débris. Ce ne sont pas nos capteurs qui détectent cela en premier, mais nous obtenons des communications qui nous aident à comprendre cela, tout comme nous communiquons avec les autres. »
L’incident le plus récent impliquant une fusée Longue Marche 6A s’est produit au début du mois, lorsque le lanceur transportait les 18 premiers satellites d’une constellation de communications prévue pour rivaliser avec Starlink. La fusée s’est brisée en orbite terrestre basse (LEO) quelques jours plus tard, répandant des débris et suscitant des inquiétudes parmi les experts. La société privée de suivi spatial a rapporté que la désintégration pourrait produire plus de 10… 900 épaves shrapnel.
Whiting a noté que les débris provenaient de l’étage supérieur de la fusée après le lancement des satellites, indiquant que la mission était « généralement réussie ». Cependant, à des altitudes plus élevées, les débris resteront en orbite plus longtemps.
« Nous ne voulons certainement pas voir ce genre de débris », a ajouté Whiting.
Les débris se trouvent généralement sur des orbites inférieures à 600 km (373 miles). Il revient sur Terre après quelques annéesÀ une altitude de 800 km, sa décomposition peut prendre des siècles. Avec de plus en plus de satellites en orbite terrestre basse et des débris persistants provenant de lancements peu judicieux, La probabilité de collisions continue d’augmenter.
Selon le général à la retraite Kevin Shelton, directeur du Centre d’excellence sur l’énergie spatiale du Mitchell Institute, les États-Unis ont déjà eu des problèmes similaires avec des débris à haute altitude, mais ont commencé à évacuer le carburant et les gaz des étages de fusée avant d’entrer en orbite. Cette pratique réduisait les débris et le risque de désintégration, et la Russie l’adopta peu après. Whiting a déclaré qu’on ne savait pas actuellement si la Chine utilisait cette méthode.
« Depuis des décennies, les États-Unis s’intéressent tellement à l’espace que nous avons mis la grande majorité de nos données de suivi à la disposition du monde entier », a déclaré Whiting. « Chaque jour, nous analysons tous les satellites actifs à la recherche de tous ces débris, et nous en informons tout le monde, y compris les Chinois et les Russes… parce que nous ne voulons pas que les satellites heurtent des débris et laissent derrière eux d’autres débris. »
Le développement rapide des capacités spatiales et l’augmentation significative des déploiements de satellites par la Chine et la Russie restent une préoccupation majeure quant à la manière dont les États-Unis abordent le domaine spatial. Chef adjoint des opérations spatiales, le général Michael A. Gotlin a souligné que les récentes mesures prises par ces pays prouvent leur intention d’opérer de manière dangereuse dans ce domaine.
« Ils créent beaucoup de débris et d’orbites que nous devons contourner, ou ils mettent en danger des choses comme la Station spatiale internationale », a déclaré Gotlin lors du Sommet AFCEA/INSA sur le renseignement et la sécurité nationale à Rockville, Maryland, le 28 août. Il a ajouté : « Ils ne se soucient même pas de la sécurité des astronautes. Si ce n’est pas dangereux et non professionnel, je ne sais pas ce que c’est. »
En novembre 2021, la Russie a procédé à un test de missile antisatellite, aboutissant à la création d’un Grande quantité de débris En orbite terrestre basse, ce qui présente un danger pour la Station spatiale internationale et incite l’équipage à prendre des mesures de précaution. En outre, Moscou a également été témoin Une série de fuites de liquide de refroidissement Ces dernières années, la Chine a lancé son propre vaisseau spatial. Même s’il n’y a pas de négociations prévues avec la Russie sur le développement spatial, les espoirs sont grands d’une communication plus active avec Pékin sur les alertes spatiales.
« Nous donnons ces avis aux Chinois, et au cours de l’année dernière, nous avons vu à plusieurs reprises qu’ils nous ont donné quelques avis en retour, et je pense que c’est une chose positive. Nous n’avons aucune discussion. prévu avec la Russie », a déclaré Whiting.
« Spécialiste de la télévision sans vergogne. Pionnier des zombies inconditionnels. Résolveur de problèmes d’une humilité exaspérante. »
science
À la recherche de pierres précieuses : caractérisation de six planètes géantes en orbite autour de naines froides
Données d’imagerie à contraste élevé pour toutes les cibles. Dans chaque panneau, nous montrons la limite de contraste de 5σ atteinte en fonction de la séparation angulaire de l’étoile hôte pour chaque ensemble de données à contraste élevé. Nous traçons également des cachets postaux de 1,4″ × 1,4″ d’images NESSI reconstruites en bande z (encadré à droite dans chaque panneau) pour toutes les cibles et des images AO (encarts à gauche) pour TOI-5414, TOI-5616, TOI-5634A et TOI-6034. — astro-ph.EP
Les exoplanètes géantes transitant autour d’étoiles naines de type M (GEMS) sont rares, en raison de la faible masse de leurs étoiles hôtes. Cependant, la couverture de l’ensemble du ciel par TESS a permis d’en détecter un nombre croissant pour permettre des enquêtes statistiques telles que le GEMS Search Survey.
Dans le cadre de cet effort, nous décrivons les observations de six planètes géantes en transit, qui incluent des mesures de masse précises pour deux GEMS (K2-419Ab, TOI-6034b) et une validation statistique de quatre systèmes, qui incluent une vérification et des limites de masse supérieures pour trois d’entre elles. (TOI-5218b, TOI-6034b). 5616b, TOI-5634Ab), tandis que le quatrième système – TOI-5414b – est classé comme « planète potentielle ».
Nos observations incluent les vitesses radiales du Habitable Zone Planet Finder sur le télescope Hobby-Eberly et de l’observatoire Maroon-X sur Gemini-North, ainsi que la photométrie et l’imagerie à contraste élevé provenant de plusieurs installations au sol. En plus de la photométrie TESS, K2-419Ab a également été observé et validé statistiquement dans le cadre de la mission K2 au cours des campagnes 5 et 18, qui fournit des contraintes orbitales et planétaires précises malgré la faible luminosité de l’étoile hôte et la longue période orbitale d’environ 20,4 jours.
Avec une température d’équilibre de seulement 380 K, K2-419Ab est l’une des planètes en transit les plus froides et les mieux caractérisées connues. TOI-6034 a un compagnon tardif de type F à environ 40 secondes d’arc, ce qui en fait la première étoile hôte GEMS à avoir un ancien compagnon binaire sur la séquence principale. Ces confirmations s’ajoutent au petit échantillon existant de planètes en transit GEMS confirmées.
Shubham Kanodia, Arvind F. Gupta, Caleb I. Canas, Lea Marta Bernabo, Varghese Reggie, T. Hahn, Madison Brady, Andreas Seyfart, William D. Cochrane, Nydia Morrell, Ritvik Basant, Jacob Bean et Chad F. Bender, Zoé L. De Bors, Alison Perella, Alexina Birkholz, Nina Brown, Franklin Chapman, David R. Ciardi, Catherine A. Clark, Ethan J. Cotter, Scott A. Diddams, Samuel Halverson, Susan Hawley, Leslie Hebb, Ray Holcomb, Steve B. Howell, Henry A. Kobolnicki, Adam F. Kowalski, Alexander Larsen, Jessica Libby Roberts, Andrea S. J. Lin, Michael B. Lund, Raphael Locke, Andrew Munson, Joe B. Ninan, Brooke A. Parker, Nishka Patel, Michael Rudrak, Gabrielle Ross, Arpita Roy, Christian Schwab, Jomundur Stefansson, Aubrey Thoms, Andrew Vanderberg
Commentaires : Accepté dans AJ
Sujets : Astrophysique terrestre et planétaire (astro-ph.EP)
Citer ce qui suit : arXiv:2408.14694 [astro-ph.EP] (ou arXiv :2408.14694v1 [astro-ph.EP] (pour cette version)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2408.14694
Concentrez-vous pour en savoir plus
Date de publication
De : Shubham Kanodia
[v1] Lundi 26 août 2024, 23:47:24 UTC (5 169 Ko)
https://arxiv.org/abs/2408.14694
Astrobiologie
« Spécialiste de la télévision sans vergogne. Pionnier des zombies inconditionnels. Résolveur de problèmes d’une humilité exaspérante. »
science
La Federal Aviation Administration des États-Unis a immobilisé les fusées Falcon 9 de SpaceX dans l’attente d’une enquête sur un rare accident d’atterrissage au large des côtes.
La Federal Aviation Administration a immobilisé les fusées Falcon 9 de SpaceX en attendant une enquête visant à déterminer pourquoi le propulseur du premier étage s’est arrêté. Collision avec un bateau de débarquement tôt mercredi après avoir contribué au lancement d’un autre lot de satellites Internet Starlink.
après Se lever Après avoir reporté mardi soir le lancement du vaisseau spatial avec équipage Polaris Dawn en raison de prévisions météorologiques à long terme défavorables, SpaceX a continué à travailler sur le premier des lancements consécutifs de satellites Starlink, un depuis la Floride et un depuis la Californie.
Mais le deuxième vol a été annulé après que le premier étage utilisé lors du lancement en Floride s’est brisé et est tombé dans l’océan Atlantique alors qu’il tentait d’atterrir sur un drone SpaceX stationné à des centaines de kilomètres au nord-est de Cap Canaveral.
EspaceX
La FAA a déclaré qu’elle ordonnerait une enquête, immobilisant efficacement les fusées Falcon 9 de SpaceX – y compris la fusée Polaris Dawn – jusqu’à ce que l’enquête soit terminée et que les mesures correctives soient approuvées.
« Le retour en vol de la fusée Falcon 9 dépend de la détermination par la FAA que tout système, processus ou procédure lié à l’anomalie n’a pas d’impact sur la sécurité publique », a déclaré la FAA dans un communiqué.
« En outre, SpaceX devra peut-être demander et obtenir l’approbation de la FAA pour modifier sa licence qui inclut des actions correctives et satisfaire à toutes les autres exigences de licence », a ajouté l’agence.
Mardi soir, SpaceX a reporté un lancement prévu mercredi Mission Aube PolarisLe lancement d’un vol commercial comprenant la première sortie dans l’espace par une organisation non gouvernementale a été reporté à vendredi au plus tôt en raison des conditions météorologiques attendues à la fin de la mission. Le lancement a été suspendu indéfiniment dans l’attente d’une enquête sur l’accident à l’atterrissage.
L’échec de l’atterrissage a mis fin à une séquence de 267 récupérations consécutives réussies de boosters remontant à février 2021. Cependant, le deuxième étage de la fusée Falcon 9 a réussi à transporter 21 satellites Starlink sur leur orbite prévue.
L’atterrissage du premier étage semblait normal jusqu’au moment de l’atterrissage, lorsque plus de flammes que d’habitude sont apparues autour de la base de la fusée à l’approche du pont de la fusée. L’une des jambes d’atterrissage s’est effondrée immédiatement après l’atterrissage et la fusée d’appoint, masquée par le feu et la fumée, s’est renversée par-dessus le côté de la péniche de débarquement dans l’océan Atlantique.
EspaceX
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« Après une ascension réussie, le premier étage d’une fusée Falcon 9 s’est retourné après son atterrissage sur le vaisseau spatial sans pilote ‘Zero Gravity' », SpaceX Il a dit sur les réseaux sociaux« Les équipes évaluent les données de vol et l’état du missile. »
Il s’agissait du 23e premier étage de la fusée B1062, qui s’est avéré être son dernier lancement et atterrissage, un nouveau record de réutilisabilité. SpaceX autorise les premiers étages de la fusée Falcon 9 pour un maximum de 40 vols par étage.
Peu de temps après le déploiement des satellites Starlink en Floride, la société a annulé le lancement en Californie, qui était prévu à 5 h 58 HAE, pour donner aux ingénieurs plus de temps pour examiner la télémétrie et les séquences vidéo, à la recherche de tout signe de problème. affecter d’autres missiles.
« Retrait de notre deuxième lancement @Starlink la nuit pour donner à l’équipe le temps d’examiner les données d’atterrissage du booster du lancement précédent », a déclaré SpaceX. Il a dit« Une nouvelle date de lancement cible sera partagée une fois disponible. »
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