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Les scientifiques développent une nouvelle technique pour identifier les protéines humaines complètes

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Les scientifiques développent une nouvelle technique pour identifier les protéines humaines complètes

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L'illustration montre le symbole de la protéine humaine et les acides aminés en arrière-plan. La nouvelle technologie FRET X est capable d'identifier des protéines à l'aide de l'empreinte protéique. Le laboratoire de Chirlmin Joo obtient ces empreintes digitales uniques en trouvant une partie du code complet des acides aminés (les C et K mis en évidence entre les lettres bleues). Crédit : Université de technologie de Delft

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L'illustration montre le symbole de la protéine humaine et les acides aminés en arrière-plan. La nouvelle technologie FRET X est capable d’identifier des protéines à l’aide d’empreintes protéiques. Le laboratoire de Chirlmin Joo obtient ces empreintes digitales uniques en trouvant une partie du code complet des acides aminés (les C et K mis en évidence entre les lettres bleues). Crédit : Université de technologie de Delft

dans une étude publié dans Nanotechnologie naturelleDes scientifiques de l'Université de technologie de Delft présentent une nouvelle technique d'identification des protéines. Les protéines remplissent des fonctions essentielles dans nos cellules, tout en jouant un rôle crucial dans des maladies telles que le cancer et l’infection au Covid-19. Les chercheurs identifient les protéines en lisant une empreinte digitale et en comparant celle-ci aux modèles d’une base de données.

Grâce à cette nouvelle technologie, les chercheurs peuvent identifier des protéines individuelles, intactes et complètes, tout en préservant toutes leurs informations. Cela peut faire la lumière sur les mécanismes à l’origine de nombreuses maladies différentes et permettre un diagnostic précoce.

Projet IKEA incomplet

« L'étude des protéines à l'intérieur des cellules est un sujet brûlant depuis des décennies et a fait d'énormes progrès, permettant aux chercheurs d'avoir une bien meilleure idée du type de protéines présentes et de la fonction qu'elles remplissent », explique Mike Velius, le premier auteur de l’étude. Auteur du papier.

Actuellement, les scientifiques utilisent une méthode appelée spectrométrie de masse pour identifier les protéines. L’approche la plus courante de la spectrométrie de masse est l’approche « ascendante », dans laquelle les protéines complètes sont découpées en fragments plus petits, appelés peptides, qui sont ensuite mesurés par spectrométrie de masse. Sur la base des données de ces petits fragments, l’ordinateur reconstruit la protéine.

« C'est un peu comme votre projet IKEA typique, où il vous reste toujours des pièces de rechange que vous ne savez pas comment assembler. Mais dans le cas des protéines, ces pièces de rechange peuvent en fait avoir une teneur très élevée en protéines,  » dit Filius. « Des informations précieuses, par exemple sur la question de savoir si cette protéine contient ou non une structure nocive qui provoque des maladies. »

Crédit : Université de technologie de Delft

Empreinte digitale protéique

« Pour identifier une protéine, vous n'avez pas besoin de connaître tous les acides aminés ; les unités de base d'une protéine. Au lieu de cela, vous essayez d'obtenir suffisamment d'informations pour pouvoir identifier la protéine en utilisant une base de données comme référence, similaire à comment la police peut découvrir l'identité d'un suspect grâce à ses empreintes digitales.

« Dans des travaux antérieurs, nous avons montré que chaque protéine possède une empreinte digitale unique, tout comme son homologue humain. Nous avons réalisé qu'il suffisait de connaître l'emplacement de quelques-uns des acides aminés d'une protéine pour créer une empreinte unique à partir de laquelle nous pourrait identifier la protéine », ajoute Raman Van Wee, Ph.D. Le candidat qui a participé à la recherche.

Trouver des protéines dans une botte de foin

« Nous pouvons détecter ces acides aminés grâce à des molécules qui s'illuminent au microscope et se lient à de petits morceaux d'ADN qui se lient spécifiquement à un acide aminé particulier », explique Fan Wei. De cette façon, l’équipe peut déterminer l’emplacement de l’acide aminé très rapidement et avec une grande précision.

« En raison de la sensibilité de cette nouvelle technique, appelée FRET Il dit. Ceci est important, car cela rend plus accessible la mesure des échantillons de patients dans des états pathologiques.

« Dans notre article, nous montrons que nous pouvons détecter de petites quantités de protéines qui caractérisent la maladie de Parkinson ou l'infection au Covid-19 », explique Velius.

« Alors que d'autres méthodes d'identification des protéines sont explorées, notre approche se concentre sur l'identification de protéines individuelles intactes dans un mélange complexe. Nous pouvons chercher une aiguille dans une botte de foin », ajoute Van Wee.

Vers un diagnostic précoce de la maladie

Bien que cette recherche soit prometteuse, elle nécessite encore des développements importants, sur lesquels le laboratoire de Chirlmin Gu a hâte de travailler. Le groupe de recherche s'est entretenu avec plusieurs parties prenantes du laboratoire clinique et de l'industrie biopharmaceutique et a appris qu'ils étaient vraiment enthousiasmés par le potentiel révolutionnaire de cette technologie.

Ils travaillent également au lancement d’une startup pour développer FRET X en une plateforme de détection de protéines hautement sensible. Cette plateforme peut diagnostiquer les maladies à un stade précoce, améliorant ainsi l’efficacité des traitements potentiels.

«Cette technologie avancée brise le code des protéines et ouvre des possibilités passionnantes pour la détection précoce des maladies», explique Cherlmin Gu, qui supervise le projet.

Plus d'information:
Mike Velius et al., Empreinte digitale protéique complète d'une seule molécule, Nanotechnologie naturelle (2024). est ce que je: 10.1038/s41565-023-01598-7

Informations sur les magazines :
Nanotechnologie naturelle


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L’Agence spatiale européenne collabore avec la NASA pour livrer un vaisseau spatial européen sur Mars

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L’Agence spatiale européenne collabore avec la NASA pour livrer un vaisseau spatial européen sur Mars

La mission ExoMars Rosalind Franklin est propulsée par la technologie de la NASA, suite aux changements apportés à la mission après que l’Agence spatiale européenne a rompu ses liens avec l’agence spatiale russe Roscosmos.

La NASA et l’Agence spatiale européenne (ESA) renforcent leurs liens avec un nouvel accord sur la mission européenne du rover sur Mars.

La mission ExoMars Rosalind Franklin verra l’Agence spatiale européenne lancer un rover en 2028 vers la planète rouge. Cette mission d’exploration vise à rechercher la vie passée et présente sur Mars.

L’ESA et la NASA ont signé un protocole d’accord pour actualiser la participation de la NASA à la mission. La principale mise à jour est que l’agence américaine fournira des unités de chauffage légères à radio-isotopes pour le véhicule.

« Cet accord crucial renforce nos efforts de collaboration pour le programme ExoMars et garantit que le rover Rosalind Franklin posera ses roues sur le sol martien en 2030 », a déclaré Daniel Neuenschwander, directeur de l’exploration humaine et robotique de l’ESA.

« Ensemble, nous ouvrons de nouvelles frontières dans notre quête pour percer les secrets de Mars. Nous démontrons notre engagement en faveur de l’exploration spatiale pionnière et du développement des connaissances humaines. »

Il y a deux ans, la mission ExoMars a été bouleversée après que l’Agence spatiale européenne a interrompu sa coopération avec la société russe Roscosmos à la suite de l’invasion de l’Ukraine par ce pays. En conséquence, l’ESA et l’industrie européenne ont remodelé la mission grâce à de nouvelles synergies et partenariats.

Un investissement de 360 ​​millions d’euros a été obtenu en 2022 pour relancer la mission, et la mission ExoMars a son plan actuel pour un lancement en 2028.

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« Les capacités de forage uniques du rover Rosalind Franklin et du laboratoire d’échantillonnage à bord sont d’une valeur scientifique exceptionnelle dans la recherche par l’humanité de preuves d’une vie passée sur Mars », a déclaré Nicola Fox, administratrice associée de la NASA. « La NASA soutient la mission de Rosalind Franklin visant à poursuivre le partenariat solide entre les États-Unis et l’Europe pour explorer l’inconnu dans notre système solaire et au-delà. »

En 2019, l’Agence spatiale européenne a décidé de donner au rover ExoMars le nom de la chimiste britannique et cristallographe aux rayons X Rosalind Franklin, considérée comme la femme qui a déverrouillé la structure de l’ADN.

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L’enzyme issue de la bio-ingénierie produit de la vanilline naturelle à partir de plantes en une seule étape

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L’extrait de vanille est l’un des composés aromatiques les plus utilisés dans les produits alimentaires et cosmétiques. L’arôme agréable et sucré de cette saveur classique est conféré par le composé chimique « vanilline » présent dans les gousses des plants de vanille appartenant à la famille des orchidées. Dans les plantes, la vanilline est synthétisée en convertissant l’acide férulique par une enzyme – VpVAN. Cependant, la biosynthèse in vitro de la vanilline à partir de VpVAN d’origine végétale ne produit que de très petites quantités de vanilline et n’est donc pas commercialement pratique. De plus, bien que les extraits de vanille d’origine chimique soient disponibles à bas prix, ils n’ont pas la saveur de l’extrait de vanille naturel, et ce dernier reste très demandé. De plus, les limitations climatiques imposées à la culture des plants de vanille et le rendement relativement faible obtenu par plant ont conduit à une diminution de l’offre et à une hausse des prix de l’extrait naturel de vanille.

Face à ces défis, le professeur Toshiki Furuya du Département de biosciences appliquées de la Faculté des sciences et technologies de l’Université des sciences de Tokyo et ses étudiants diplômés Shizuka Fujimaki et Satsuki Sakamoto ont réussi à développer une enzyme qui génère de la vanilline à partir de plantes. acide férulique. « L’acide férulique, la matière première, est un composé qui peut être obtenu en abondance à partir de déchets agricoles tels que le son de riz et le son de blé. La vanilline est produite simplement en mélangeant l’acide férulique avec l’enzyme développée à température ambiante. méthode simple et respectueuse de l’environnement. » Pour produire des composés aromatiques », explique le professeur Furuya. Leur étude a été publiée le 10 mai 2024 dans Microbiologie appliquée et environnementale.

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Les chercheurs ont utilisé des techniques de génie génétique pour modifier la structure moléculaire de l’enzyme Ado. Ado est à l’origine une enzyme oxydase qui ajoute un atome d’oxygène au substrat – l’isoeugénol. Dans son état originel, il n’a pas la capacité de convertir l’acide férulique en vanilline. Grâce à l’analyse de modélisation structurelle, les chercheurs ont pu prédire les modifications des acides aminés dans l’Ado qui permettraient son interaction avec l’acide férulique. Dans cette optique, ils ont mené une série d’expériences en remplaçant les résidus d’acides aminés phénylalanine et valine à des positions spécifiques de la structure Ado par divers autres acides aminés. Ils ont continué à examiner la capacité de conversion de l’acide férulique de diverses protéines mutantes modifiées.

Après de nombreux essais et erreurs, ils ont découvert que la protéine mutante dans laquelle seuls trois résidus phénylalanine et valine étaient remplacés par de la tyrosine et de l’arginine, réagissait de manière stable avec l’acide férulique et montrait une activité de conversion élevée. Notamment, l’enzyme modifiée ne nécessitait aucun cofacteur pour la conversion, contrairement à d’autres oxydases, et produisait de la vanilline à l’échelle d’un gramme par litre de solution réactionnelle, avec une efficacité catalytique et une affinité supérieures à celles de l’enzyme de type sauvage. La réaction nécessite uniquement de mélanger l’enzyme, l’acide férulique et l’air (oxygène moléculaire) à température ambiante, ce qui en fait un processus simple, durable et économiquement évolutif. En outre, l’enzyme développée au niveau moléculaire a également montré une activité de conversion en acide coumarique et en acide sinapique, des composés obtenus à partir de la dégradation de la lignine – un déchet agricole courant.

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À ce jour, aucune enzyme microbienne ou végétale n’a démontré la capacité de convertir l’acide férulique en vanilline à l’échelle industrielle. Par conséquent, l’enzyme développée dans la présente étude présente un grand potentiel pour permettre la production commerciale et économique de vanilline naturelle.

Expliquant les implications à long terme de leurs recherches, le professeur Furuya déclare : « Exploiter le potentiel des micro-organismes et des enzymes pour extraire des composés précieux dans des conditions modérées à partir de ressources végétales renouvelables offre actuellement une approche durable pour réduire l’empreinte environnementale. société, nos efforts de recherche sont axés sur la mise en œuvre réelle de la production de vanilline grâce à l’utilisation de l’enzyme nouvellement développée.

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Améliorer les modèles de surface terrestre pour visualiser les gradients de végétation en terrain montagneux

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Améliorer les modèles de surface terrestre pour visualiser les gradients de végétation en terrain montagneux

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crédit: Recherche sur les ressources en eau (2024). est ce que je: 10.1029/2023WR036214

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crédit: Recherche sur les ressources en eau (2024). est ce que je: 10.1029/2023WR036214

Les modèles de surface terrestre sont un outil indispensable pour les écologistes pour cartographier les caractéristiques naturelles de notre monde, en particulier lorsqu’ils surveillent les effets du changement climatique ou évaluent les efforts de conservation.

Cependant, les modèles à grande échelle couvrant de vastes régions telles que les continents utilisent souvent des tailles de grille qui ne capturent pas correctement la variation pouvant exister au sein de chaque carré. Cela peut constituer un problème particulièrement important en terrain montagneux, où l’altitude, la température et la teneur en eau peuvent être très différentes, même au sein d’un seul pixel de carte.

dans Stade Récemment publié dans le magazine Recherche sur les ressources en eauDes chercheurs de l’Institut des sciences industrielles de l’Université de Tokyo ont démontré une nouvelle façon de visualiser les gradients de végétation en terrain montagneux.

Premièrement, les chercheurs ont regroupé les pixels en unités hydrologiques plus grandes pour représenter le flanc de la colline. Ensuite, ils ont divisé les données en plages d’élévation verticales pour estimer le profil de la pente. Cela a permis d’identifier le type de couverture terrestre dominant dans chaque plage d’altitude, et les zones où le modèle de végétation est influencé par les pentes des collines ont ensuite pu être identifiées.

« La différence d’humidité entre les collines et les vallées due à un terrain en pente peut créer une dynamique et des modèles de végétation uniques. En fait, un changement d’altitude de quelques mètres seulement peut entraîner des changements spectaculaires dans la végétation locale », explique l’auteur principal de l’étude, Shuping. . Il m’explique. Les chercheurs ont appelé ce phénomène « végétation influencée par les pentes ».

L’étendue de la végétation affectée par les pentes des collines n’était pas connue auparavant, ni même si elle pouvait être déterminée dans le monde entier sous différents climats. Une nouvelle analyse des données haute résolution sur le terrain et la végétation a montré qu’il s’agit en fait d’un phénomène mondial très courant.

Les zones identifiées comme présentant une végétation influencée par les pentes des collines sont largement réparties à travers le monde dans diverses zones climatiques. Certains des exemples récemment découverts dans l’étude se trouvent dans le nord-est de la Russie et dans la Corne de l’Afrique.

Cela indique que l’influence de l’hydrodynamique des terrains en pente sur les régimes de végétation peut se produire même dans les régions boréales sèches et semi-arides.

Les chercheurs ont également démontré que la simple prise en compte des effets de l’élévation, comme dans le cas de la « limite des arbres » sur une montagne sans aucun arbre ne poussant au-dessus, ne suffit pas.

« Nous avons montré que la simple prise en compte de l’effet de l’élévation – qui est principalement dû aux changements de température – ne suffit pas à expliquer l’hétérogénéité de la végétation. La dynamique de l’eau dans les paysages en pente ne peut être ignorée en tant que facteur important », explique le chercheur principal. Dai Yamazaki.

Les chercheurs pensent que leur méthode peut être appliquée aux données du monde entier pour améliorer notre compréhension de l’impact des changements d’altitude sur la vie végétale, ce qui pourrait grandement faciliter les efforts de modélisation climatique pour fournir des informations plus détaillées sur le changement climatique.

Plus d’information:
Shuping Li et al., Où dans le monde les modèles de végétation sont-ils contrôlés par la dynamique de l’eau des pentes ?, Recherche sur les ressources en eau (2024). est ce que je: 10.1029/2023WR036214

Informations sur les magazines :
Recherche sur les ressources en eau


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