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Codetta décode le code génétique de 250 000 génomes

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Codetta, une nouvelle méthode de calcul pour prédire les codes génétiques, pourrait révéler des informations sur la façon dont certains organismes modifient un code que l’on croyait auparavant universel.

Les scientifiques ont conçu un logiciel capable de lire le génome d’un organisme et d’apprendre les groupes de trois lettres, ou codons, qui codent pour un acide aminé particulier (indiqué par un disque rouge). Crédit : illustration par James Yang/www.jamesyang.com

Au XIXe siècle, la pierre de Rosette – une ancienne dalle rocheuse inscrite en trois langues – a aidé les scientifiques à déchiffrer les hiéroglyphes égyptiens. Maintenant, un programme informatique fait quelque chose de similaire au code génétique.

Le programme, appelé Codetta, peut lire la séquence du génome de n’importe quel organisme, puis cracher son code génétique.La clé biologique qui traduit l’information génétique en instructions pour la construction de protéines. Dans la plupart des parties de l’Arbre de Vie, ce symbole est universel. Mais les scientifiques ont trouvé quelques exceptions – dans certains organismes, l’information génétique code pour des instructions différentes de celles d’autres formes de vie.

Dans le plus grand criblage à ce jour de ces codes génétiques alternatifs, le programme a scanné plus de 250 000 séquences de génomes de bactéries et d’archées et a identifié cinq codons jamais vus auparavant, Kate Shulgina de l’Université Harvard et Howard Hughes, un chercheur médical. Shawn Eddy Rapport du 9 novembre 2021 dans la revue, eLife. « J’ai dit à Kate que ses nouveaux codes seraient inclus directement dans les manuels », explique Eddy.

La méthode de l’équipe est plus rapide, plus rigoureuse et plus complète que les efforts précédents, explique Ken Wolf, un généticien évolutionniste à l’University College Dublin qui n’a pas été impliqué dans la recherche. « Ils ont étudié tous les génomes disponibles de bactéries et d’archées – en gros, toutes les données disponibles. »

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Implications pratiques pour une action immédiate : les scientifiques utilisant Codetta, Et il est disponible gratuitement, sera capable de prédire correctement les protéines qu’un organisme fabrique. Mais le programme peut également débloquer des informations biologiques plus complètes.

La découverte de l’ensemble du code génétique utilisé dans les royaumes de la vie pourrait révéler un mystère biologique de longue date : comment un organisme pourrait-il changer son code génétique. « Il y a toutes sortes de théories, mais ça reste un vrai mystère », dit Eddy. « Comment cela pourrait-il arriver? »

Exceptions à la règle

Shulgina a découvert pour la première fois l’existence de codes génétiques alternatifs en 2016. Elle était étudiante en première année de cycle supérieur à l’Université Harvard, et cette idée a éveillé son intérêt.

Les élèves apprennent un principe de base qui sous-tend une grande partie de la biologie moléculaire : l’ADN code les instructions pour la construction des protéines. La cellule convertit l’ADN en messages d’ARN, puis traduit des blocs d’ARN de trois lettres en blocs de construction de protéines appelés acides aminés. Le code génétique est la « table de recherche » qui indique aux cellules quelles lettres coder pour trois acides aminés. Dans des organismes aussi divers que les colibris, bactéries coli, et la moisissure du pain, par exemple, a le code GGC pour l’acide aminé glycine.

Dans l’ADN, quatre bases chimiques (indiquées en vert, rouge, bleu et orange) réunies en longs brins contiennent des instructions pour la construction de protéines. Crédit : Irving Geis/HHMI

Jusqu’en 1979, la plupart des chercheurs croyaient que cela était universellement vrai. Cette année-là, le biologiste moléculaire Bart Barrell et ses collègues J’ai découvert Kharga. Les mitochondries humaines, les usines énergétiques de la cellule, ont modifié le code. Les chercheurs ont signalé que les lettres UGA codent pour l’acide aminé tryptophane plutôt qu’un signe d’arrêt indiquant la fin de la protéine, et AUA code pour la méthionine au lieu de l’isoleucine. C’était la première idée que le code génétique n’avait pas été gravé dans la pierre. peut évoluer.

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Au cours des décennies qui ont suivi, d’autres exemples de codes génétiques alternatifs ont afflué, provenant d’organismes tels que la levure, les bactéries et les protozoaires. Les scientifiques ont maintenant identifié près de 30 nouveaux symboles, et Shulgina s’est demandé s’il y en avait plus. Personne n’a mené d’enquête systématique. Sans connaître tous les codes génétiques utilisés, dit-elle, il est difficile de répondre aux questions générales sur l’évolution de ces variantes. « J’ai commencé à travailler sur un moyen de trouver de nouveaux codes génétiques pour comprendre leur évolution », dit-elle.

Elle a commencé à concevoir un algorithme capable de déchiffrer le code génétique de n’importe quel organisme et est venue demander conseil à Eddie. Eddy, un biologiste dont le laboratoire est spécialisé dans la comparaison des génomes, réfléchissait également à ce problème. « J’ai un petit carnet d’idées sur lesquelles je veux travailler, et c’était à l’intérieur », dit-il.

À la recherche de nouveaux codes génétiques

Shulgina a rejoint le laboratoire d’Eddie, et au cours des cinq années suivantes, leur idée s’est cristallisée sous la forme d’un programme informatique qu’ils ont appelé Codetta. En théorie, dit Shulgina, le principe du programme est simple.

Codetta lit le génome, puis clique sur une base de données de protéines connues pour calculer un éventuel code génétique. « Ma méthode tire parti du fait que l’on en sait beaucoup sur l’apparence attendue des protéines », dit-elle. Le logiciel peut utiliser ces informations pour découvrir quels groupes de trois lettres dans une séquence génomique particulière correspondent à des acides aminés.

Jusqu’à présent, les scientifiques utilisant des programmes similaires ont pu analyser des centaines de séquences génomiques. Codetta augmente considérablement la capacité des scientifiques à déchiffrer les codes, permettant à l’équipe de dépister systématiquement presque toutes les bactéries et archées connues – plus de 250 000 génomes – à la recherche de nouveaux codes génétiques.

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Leur analyse a révélé quelques surprises. L’équipe a découvert cinq cas dans lesquels le code de l’acide aminé arginine a été réinitialisé à un autre acide aminé. Les résultats représentent la première fois que les scientifiques ont vu un tel échange chez les bactéries. Shulgina dit que la grande question est de savoir pourquoi le code de l’arginine est si souvent modifié. Cela pourrait indiquer les forces évolutives responsables de l’élaboration de nouveaux codes.

Shulgina et Eddy sont maintenant à la recherche de nouvelles icônes. Comme ils ont tendance à apparaître dans de petits génomes, l’équipe prévoit de récupérer Codetta des virus et des parties cellulaires telles que les mitochondries et les chloroplastes. « Ce sera un riche terrain de chasse », dit Eddy.

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la citation

Y. Shulgina et S.R. Eddy. « Criblage informatique de codes génétiques alternatifs dans plus de 250 000 génomes.  » eLife. Publié en ligne le 9 novembre 2021. doi: 10.7554 / eLife.71402

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Cinq avancées majeures des cinq dernières années

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Cinq avancées majeures des cinq dernières années

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Il y a encore beaucoup de choses que nous ne comprenons pas sur l’origine de la vie sur Terre.

La définition même de la vie est source de débat parmi les scientifiques, mais la plupart des chercheurs s’accordent sur les composants fondamentaux d’une cellule vivante. L’eau, l’énergie et certains éléments de base sont les conditions de base pour l’émergence des cellules. Cependant, les détails exacts de la manière dont cela se produit restent un mystère.

Des recherches récentes se sont concentrées sur la tentative de recréer en laboratoire les réactions chimiques qui composent la vie telle que nous la connaissons, dans des conditions plausibles pour la Terre primitive (il y a environ 4 milliards d’années). Les expériences sont devenues de plus en plus complexes, grâce aux progrès technologiques et à une meilleure compréhension des conditions primitives de la Terre.

Cependant, loin de rassembler les chercheurs et de trancher le débat, l’émergence des travaux expérimentaux a donné naissance à de nombreuses théories contradictoires. Certains scientifiques pensent que la vie est apparue dans les profondeurs marines Sources hydrothermalesOù les conditions fournissaient l’énergie nécessaire. D’autres le pensent Sources chaudes sur terre Cela aurait fourni un meilleur environnement car il est plus susceptible de contenir des molécules organiques que des météorites. Ce ne sont que deux possibilités à l’étude.

Voici cinq des découvertes les plus marquantes de ces cinq dernières années.

Réactions dans les premières cellules

Quelle est la source d’énergie qui a déclenché les réactions chimiques lorsque la vie est apparue ? C’est l’énigme qu’un Équipe de recherche en Allemagne Il cherchait à découvrir. L’équipe a étudié la faisabilité de 402 réactions connues pour former certains des composants essentiels de la vie, par ex. Nucléotides (élément constitutif de l’ADN et de l’ARN). Ils l’ont fait en utilisant certains des objets les plus courants que l’on pouvait trouver sur la Terre primitive.

On pense également que ces réactions, trouvées dans les cellules modernes, constituent le principal processus métabolique de LUCA. Le dernier ancêtre commun universelOrganisme unicellulaire qui ressemble à une bactérie.

Pour chaque réaction, ils ont calculé les changements d’énergie libre, ce qui détermine si la réaction peut se dérouler sans autres sources d’énergie externes. Ce qui est étonnant, c’est que bon nombre de ces réactions étaient indépendantes des influences extérieures. Comme l’adénosine triphosphateune source universelle d’énergie dans les cellules vivantes.

La synthèse des éléments de base de la vie n’a pas besoin de renforcement énergétique extérieur : elle s’auto-entretient.

Verre volcanique

La vie dépend de molécules pour stocker et transmettre des informations. Les scientifiques pensent que des brins d’ARN étaient présents Précurseurs de l’ADN En remplissant ce rôle, car sa structure est plus simple.

L’apparition de l’acide ribonucléique (ARN) sur notre planète a longtemps dérouté les chercheurs. Cependant, certains progrès ont été réalisés récemment. En 2022, une équipe de collaborateurs aux Etats-Unis Des brins d’ARN stables ont été générés dans le laboratoire. Pour ce faire, ils ont fait passer des nucléotides à travers du verre volcanique. Les fils de discussion qu’ils créaient étaient suffisamment longs pour stocker et transmettre des informations.

Le verre volcanique était présent sur la Terre primitive, grâce aux fréquents impacts de météorites combinés à une forte activité volcanique. Les nucléotides utilisés dans l’étude sont également… On pense qu’il était présent À cette époque de l’histoire de la Terre. Les roches volcaniques peuvent avoir facilité les réactions chimiques qui assemblent les nucléotides en chaînes d’ARN.



Sources hydrothermales

La fixation du carbone est un processus dans lequel le dioxyde de carbone est libéré2 Gagne des électrons. Il est nécessaire de construire les molécules qui constituent la base de la vie.

Un donneur d’électrons est nécessaire pour conduire cette réaction. Au début de la Terre, H2 Il peut s’agir d’un donateur électronique. En 2020, un Afficher une équipe de collaborateurs Cette réaction pourrait se produire spontanément et être alimentée par des conditions environnementales similaires aux sources hydrothermales alcalines des profondeurs marines des premiers océans. Ils l’ont fait en utilisant Technologie microfluidiquedes appareils qui manipulent de petits volumes de liquides pour réaliser des expériences en simulant des ouvertures alcalines.

Ce chemin est Étonnamment similaire Combien de cellules bactériennes et archéennes modernes (organismes unicellulaires sans noyau) fonctionnent.

Cycle de Krebs

Dans les cellules modernes, la fixation du carbone fait suite à une série de réactions chimiques qui assemblent ou décomposent des molécules dans des réseaux métaboliques complexes pilotés par des enzymes.

Mais les scientifiques débattent encore de la manière dont les réactions métaboliques se produisaient avant l’apparition et l’évolution de ces enzymes. En 2019, une équipe de l’Université de Strasbourg en France a réalisé des travaux percée. Ils ont montré que le fer ferrique, un type de fer abondant dans la croûte terrestre et dans les premiers océans, pouvait propulser neuf marches sur 11. Cycle de Krebs. Le cycle de Krebs est une voie biologique présente dans de nombreuses cellules vivantes.

Ici, le fer ferrique a servi de donneur d’électrons pour stabiliser le carbone, déclenchant une série de réactions. Les réactions ont produit les cinq précurseurs métaboliques universels, cinq molécules essentielles traversant différentes voies métaboliques dans tous les organismes vivants.

Les éléments constitutifs des anciennes membranes cellulaires

Comprendre la composition des éléments constitutifs de la vie et leurs réactions complexes constitue une étape majeure dans la compréhension de l’émergence de la vie.

Cependant, qu’elles se soient produites dans des sources chaudes terrestres ou dans les profondeurs marines, ces réactions n’auraient pas été très efficaces sans la membrane cellulaire. Les membranes cellulaires jouent un rôle actif dans la biochimie de la cellule primitive et dans sa relation avec l’environnement.

Les membranes cellulaires modernes sont principalement composées de composés appelés phospholipides, qui contiennent une tête hydrophile et deux queues hydrophobes. Ils sont organisés en bicouches, les têtes hydrophiles pointant vers l’extérieur et les queues hydrophobes pointant vers l’intérieur.

Des recherches ont montré que certains composants des phospholipides, tels que les acides gras qui forment les queues, peuvent s’auto-assembler dans ces membranes bicouches en Un ensemble de conditions environnementales. Mais ces acides gras étaient-ils présents au début de la Terre ? Des recherches récentes menées par l’Université de Newcastle au Royaume-Uni apportent une réponse intéressante. Des chercheurs Recréez-le La formation spontanée de ces molécules résulte de la combinaison de fluides riches en H₂, probablement présents dans d’anciennes sources hydrothermales alcalines, avec du dioxyde de carbone.2-Des eaux riches ressemblant aux premiers océans.

Cette réalisation est cohérente avec l’hypothèse selon laquelle des membranes d’acides gras stables peuvent apparaître dans les sources hydrothermales alcalines, se développant potentiellement en cellules vivantes. Les auteurs ont émis l’hypothèse que des réactions chimiques similaires pourraient se produire dans les océans souterrains des lunes glacées, qui contiendraient des sources hydrothermales similaires à celles de la Terre.

Chacune de ces découvertes ajoute une nouvelle pièce au puzzle de l’origine de la vie. Quelle que soit la validité de ces théories, des théories contradictoires alimentent la recherche de réponses.

Comme Charles Darwin livres« Les faits faux sont très préjudiciables au progrès de la science parce qu’ils persistent souvent longtemps : mais les fausses opinions, si elles sont appuyées par quelques preuves, ne font pas grand mal, car tous prennent un plaisir utile à se prouver faux ; le chemin vers l’erreur est fermé. « Et le chemin vers la vérité est souvent en même temps ouvert. »

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Les perroquets en captivité semblent apprécier le chat vidéo avec leurs amis sur Messenger

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Les perroquets en captivité semblent apprécier le chat vidéo avec leurs amis sur Messenger

Les perroquets sont des créatures naturellement sociales. En captivité, où ils n’ont généralement pas de troupeau avec qui interagir, cela peut présenter de réels défis pour les garder heureux et en bonne santé. Mais des recherches récentes suggèrent que la technologie pourrait les aider à répondre davantage à leurs besoins sociaux. une Dirigé par des chercheurs de Université de Glasgow La Northeastern University a comparé les réponses des perroquets lorsqu’ils avaient la possibilité de discuter en vidéo avec d’autres oiseaux via Meta’s Messenger par rapport au visionnage de vidéos préenregistrées. Ils semblent préférer les conversations en temps réel.

La recherche s’appuie sur les résultats d’une série de petites études menées au cours des dernières années, dont une dans laquelle l’équipe a entraîné des perroquets de compagnie à passer des appels vidéo entre eux (avec l’assistance humaine) et une autre dans laquelle on leur a appris à jouer à des jeux sur tablette. Lors de la dernière expérience, neuf propriétaires de perroquets ont reçu des comprimés pour se préparer à accueillir leurs animaux de compagnie, puis ont été surveillés pendant six mois. Au cours de cette période, les perroquets, initialement présentés les uns aux autres par chat vidéo, ont pu s’appeler pendant jusqu’à trois heures, réparties sur 12 sessions. La moitié de ces sessions comprenaient des vidéos préenregistrées, tandis que l’autre moitié était des chats vidéo en direct via Messenger.

Les soignants qui ont enregistré les séances ont rapporté que les oiseaux semblaient plus engagés lors des interactions en direct. Ils ont lancé plus d’appels dans ces scénarios et ont passé en moyenne plus de temps à interagir avec les oiseaux à l’autre bout du fil.

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Au cours de chaque session, les perroquets étaient autorisés à passer jusqu’à deux appels, et les chercheurs ont constaté que ceux qui parlaient via Messenger atteignaient cette limite 46 % du temps, contre environ la moitié lorsqu’ils regardaient des vidéos préenregistrées. Au total, ils ont passé 561 minutes à discuter en vidéo sur Messenger, contre seulement 142 minutes à regarder des vidéos préenregistrées.

« L’apparence » vivante « semble avoir fait une différence dans les interactions des perroquets avec leurs parades. » Le Dr Elena Hercej Douglas a déclaré, même s’il convient de noter qu’une étude plus approfondie sera nécessaire avant de pouvoir tirer des conclusions définitives. « Leur comportement lors de l’interaction avec un autre oiseau vivant reflétait souvent les comportements qu’ils adopteraient avec d’autres perroquets dans la vie réelle, ce qui n’était pas le cas dans les sessions préenregistrées. » Cependant, les soignants ont généralement signalé que les appels en direct et préenregistrés semblaient avoir un effet positif sur les oiseaux.

« Internet recèle un grand potentiel pour donner aux animaux la possibilité d’interagir les uns avec les autres de nouvelles manières, mais les systèmes que nous construisons pour les aider à y parvenir doivent être adaptés à leurs besoins spécifiques et à leurs capacités physiques et mentales », a déclaré le médecin. Hersky Douglas. « Des études comme celle-ci peuvent aider à jeter les bases d’un Internet véritablement centré sur les animaux. »

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Comment les chats atterrissent-ils sur leurs pattes ?

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Comment les chats atterrissent-ils sur leurs pattes ?

Lorsque les chats tombent, ils se retournent sans effort, ce qui laisse les scientifiques perplexes depuis des décennies. Nos amis félins semblent défier les lois de la physique en se remodelant dans les airs sans interférence d’une autre force. Alors, comment ont-ils fait ?

Plusieurs facteurs influencent la capacité d’un chat à atterrir à quatre pattes, mais en termes simples, deux forces principales sont en jeu : la physique et les neurosciences.

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