mai 17, 2022

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Des chercheurs ont créé le plus grand arbre généalogique humain jamais créé

Crédit : domaine public CC0

Des chercheurs du Big Data Institute de l’Université d’Oxford ont fait un grand pas vers la cartographie complète des relations génétiques entre les humains : une seule lignée qui retrace tous nos ancêtres. L’étude a été publiée aujourd’hui dans à savoir.


Les deux dernières décennies ont vu des développements extraordinaires dans le domaine de la recherche en génétique humaine données génomiques Pour des centaines de milliers d’individus, dont des milliers de personnes préhistoriques. Cela soulève la possibilité passionnante de retracer les origines de la diversité génétique humaine pour produire une carte complète de la façon dont les individus du monde entier se rapportent les uns aux autres.

Jusqu’à présent, les principaux défis de cette vision ont été de trouver un moyen de collecter génome Séquencez à partir de nombreuses bases de données différentes et développez des algorithmes pour gérer des données de cette taille. Cependant, une nouvelle méthode publiée aujourd’hui par des chercheurs du Big Data Institute de l’Université d’Oxford peut facilement combiner des données provenant de plusieurs sources et s’adapter à des millions de séquences génomiques.

Le Dr Yan Wong, généticien de l’évolution au Big Data Institute et l’un des principaux auteurs, a expliqué : « Nous avons essentiellement construit un immense arbre généalogique, une généalogie pour toute l’humanité qui conçoit comme nous le pouvons l’histoire qui a généré tous les variation génétique que nous trouvons chez les humains aujourd’hui. Cette généalogie nous permet de voir comment la séquence génétique de chaque personne est liée les unes aux autres, le long de tous les points du génome.

Étant donné que les régions génomiques individuelles ne sont héritées que d’un seul parent, soit la mère, soit le père, l’origine de chaque point du génome peut être considérée comme un arbre. ensemble de les arbresconnue sous le nom de «séquence arborescente» ou «graphe de recombinaison ancestrale», relie les régions génétiques à travers le temps aux ancêtres où la variation génétique est apparue pour la première fois.

L’auteur principal, le Dr Anthony Wilder Wons, qui a mené la recherche dans le cadre de son doctorat. Au Big Data Institute, maintenant chercheur postdoctoral au Broad Institute du MIT et de Harvard, il a déclaré : « Essentiellement, nous reconstruisons les génomes de nos ancêtres et les utilisons pour former un vaste réseau de relations. Nous pouvons alors estimer quand et où vivaient ces ancêtres.  » La force de notre approche est qu’elle fait très peu d’hypothèses sur les données sous-jacentes et peut également inclure des échantillons d’ADN modernes et anciens. « 

L’étude a combiné des données sur les génomes humains modernes et anciens de huit bases de données différentes et comprenait un total de 3 609 séquences génomiques individuelles de 215 groupes. Les génomes anciens comprenaient des échantillons trouvés dans le monde entier qui avaient entre 1 000 et 100 000 ans. Des algorithmes ont prédit où les ancêtres communs devraient résider dans les arbres phylogénétiques pour expliquer les modèles de variation génétique. Le réseau résultant contenait environ 27 millions d’ancêtres.

Après avoir ajouté des données de localisation sur ces échantillons génomiques, les auteurs ont utilisé la grille pour estimer où vivaient les ancêtres communs attendus. Les résultats retracent avec succès les événements clés de l’histoire de l’évolution humaine, y compris la migration depuis l’Afrique.

Bien que la carte généalogique soit déjà une ressource très riche, l’équipe de recherche compte la rendre plus complète en continuant d’y intégrer les données génétiques au fur et à mesure de leur disponibilité. Étant donné que le séquençage des arbres stocke les données de manière très efficace, un ensemble de données peut facilement accueillir des millions de génomes supplémentaires.

Le Dr Wong a déclaré: « Cette étude jette les bases de la prochaine génération de séquençage de l’ADN. À mesure que la qualité des séquences du génome des échantillons d’ADN modernes et anciens s’améliore, les arbres deviendront plus précis et nous pourrons éventuellement générer un seul, carte unifiée qui explique la descendance de tous les humains. variance génétique On le voit aujourd’hui. »

Le Dr Wons a ajouté : « Bien que les humains soient au centre de cette étude, la méthode est valable pour la plupart des organismes, des orangs-outans aux bactéries. Elle peut être particulièrement utile dans génétique médicaleen séparant les véritables associations entre régions génétiques et maladies des pseudo-liens issus de notre histoire ancestrale commune. »


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Plus d’information:
Anthony Wilder et Wons et al., Une généalogie consolidée des génomes modernes et anciens, à savoir (2022). DOI : 10.1126 / science.abi8264. www.science.org/doi/10.1126/science.abi8264

la citation: Des chercheurs ont créé le plus grand arbre généalogique humain jamais créé (2022, 24 février) Extrait le 24 février 2022 de https://phys.org/news/2022-02-largest-human-family-tree.html

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