mai 27, 2022

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Diversité génétique de Clostridium difficile, un pathogène problématique – ScienceDaily

Des chercheurs de la faculté de médecine de l’Université de Californie à San Diego et du Jacobs College of Engineering, ainsi que des collègues du Baylor College of Medicine, ont utilisé une approche de biologie systémique pour analyser la diversité génétique de C.Le perdu est difficileun agent pathogène particulièrement problématique dans les établissements de soins de santé.

Les Centers for Disease Control estiment que les bactéries causent environ 500 000 infections aux États-Unis chaque année, avec une diarrhée sévère et une colite (colite) comme symptômes caractéristiques.

Les découvertes des chercheurs ont été publiées dans le numéro en ligne du 27 avril 2022 de PNAS.

Jim Saab C’est la cause la plus fréquente d’infections nosocomiales, en partie à cause de l’utilisation d’antibiotiques, qui peuvent tuer suffisamment de bactéries saines pour permettre la croissance incontrôlée de Clostridium difficile. L’infection est particulièrement dangereuse chez les personnes âgées. Une personne sur 11 âgée de plus de 65 ans reçoit un diagnostic de maladie hospitalière Jim Saab Il meurt dans un délai d’un mois, rapporte le CDC.

« C.différence Auteur principal Jonathan M. École de médecine de Diego. « Cela ne provoque pas de diarrhée typique. La plupart des gens se rétablissent, mais certains tombent gravement malades et doivent être hospitalisés et certains meurent de complications telles qu’une insuffisance rénale ou une septicémie. »

Pour comprendre la génétique de Jim Saab – développant ainsi des modèles capables d’identifier et de prédire leur évolution complexe et continue – les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier, le criblage phénotypique à haut débit et la modélisation métabolique de 451 souches bactériennes.

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Ces données ont été utilisées pour construire un « pangénome » ou un ensemble complet de gènes représentatifs de tous les gènes connus. Jim Saab souches, dont ils ont identifié 9 924 groupes génétiques distincts, dont 2 899 étaient considérés comme intrinsèques (présents dans toutes les souches) tandis que 7 025 étaient « accessoires » (présents dans certaines souches mais absents dans d’autres).

En utilisant une nouvelle méthode de typage, ils ont classé 176 groupes de races génétiquement distincts.

Co-auteur Jennifer K. Médecine. « Cela peut être crucial pour comprendre les causes des épidémies et comment lutter contre sa propagation. »

Trente-cinq souches représentant l’ensemble du groupe ont été identifiées expérimentalement à l’aide de 95 sources de nutriments différentes, révélant 26 profils de croissance distincts. L’équipe a ensuite construit 451 modèles de métabolisme à l’échelle du génome spécifiques à la souche pour produire une diversité phénotypique dans 28 864 cas uniques. Les modèles ont pu prédire correctement la croissance dans 76 % des cas mesurés.

« L’une des forces du travail présenté est la cohérence de types de données biologiques distincts dans des cadres biologiques de systèmes complets qui permettent une analyse à grande échelle », a déclaré le premier auteur Charles J. Norsigian, PhD, scientifique des données au sein du Systems Biology Research Group. « Par interprétation des dynasties Jim Saab Dans le contexte de la population, nous avons pu faire la lumière sur les traits liés au stress en ce qui concerne la niche nutritionnelle, les facteurs de virulence et les déterminants de la résistance aux antimicrobiens qui n’auraient peut-être pas été découverts autrement.

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Les co-auteurs sont : Bernhard O. Palsson, UC San Diego ; Heather A. Dunhoff, Colin K. Brand, Firas S., Medani, Robert A.; Britton et Tour C. Savage, Baylor College of Medicine; Jared T. Broderick et Jennifer K. Spinner, Centre de recherche Ames de la NASA.

Origine de l’histoire :

Matériaux Introduction de Université de Californie – San Diego. Original de Scott Lavie. Remarque : Le contenu peut être modifié en fonction du style et de la longueur.