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L’apprentissage automatique et les microscopes haute puissance fournissent des instantanés détaillés de la machinerie interne des cellules

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Ouvrez n’importe quel livre d’introduction à la biologie et vous verrez un diagramme familier : une cellule d’aspect blobby remplie de structures aux couleurs vives, le mécanisme interne qui fait fonctionner la cellule.

Les biologistes cellulaires connaissent depuis des décennies les fonctions de base de la plupart de ces structures, appelées organites. Les mitochondries en forme de haricot produisent de l’énergie, par exemple, et de minces microtubules aident la cargaison à glisser autour de la cellule. Mais malgré tout ce que les scientifiques ont appris sur ces écosystèmes miniatures, beaucoup de choses restent inconnues sur la façon dont leurs parties fonctionnent ensemble.

Aujourd’hui, la microscopie à haute puissance – plus une forte dose d’apprentissage automatique – contribue à changer cela. De nouveaux algorithmes informatiques peuvent identifier automatiquement environ 30 types différents d’organites et d’autres structures dans des images haute résolution de cellules entières, rapporte une équipe de scientifiques du Howard Hughes Medical Center du Janelia Research Institute le 6 octobre 2021 dans le journal. tempérer la nature.

Il serait presque impossible d’analyser manuellement les détails de ces images dans toute la cellule, explique Aubrey Weigel, qui a dirigé l’équipe du projet Janelia, appelée COSEM (pour segmenter les organites cellulaires en microscopie électronique). Une seule cellule de données se compose de dizaines de milliers d’images. Le suivi de tous les organites de la cellule à travers cet ensemble d’images pourrait prendre plus de 60 ans à une seule personne. Mais de nouveaux algorithmes permettent de cartographier une cellule entière en quelques heures, pas en années.

En utilisant l’apprentissage automatique pour traiter les données, nous avons pensé que nous pouvions reconsidérer la vue de base de la cellule. »

Aubrey Weigel, scientifique, Janelia Research Campus à l’Institut médical Howard Hughes

En plus de deux articles d’accompagnement dans tempérer la natureLes scientifiques de Janelia ont également publié le portail de données OpenOrganelle, où tout le monde peut accéder aux ensembles de données et aux outils qu’ils ont créés.

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Ces ressources sont inestimables pour les scientifiques qui étudient comment les organites maintiennent le fonctionnement des cellules, déclare Jennifer Lippincott-Schwartz, chef de groupe et présidente par intérim du 4D Cellular Physiology Research District à Janelia, qui utilise déjà les données dans ses propres recherches. « Ce que nous ne savions pas vraiment, c’est comment les différents organites et structures sont disposés les uns par rapport aux autres – comment ils se touchent et communiquent les uns avec les autres, et combien d’espace ils occupent », dit-elle.

Pour la première fois, ces relations cachées apparaissent.

Données détaillées

Le voyage de l’équipe COSEM a commencé avec des données recueillies par des microscopes électroniques à haute puissance logés dans une chambre spéciale résistante aux vibrations à Janelia.

Depuis 10 ans, ces microscopes produisent des clichés haute résolution du cerveau de la mouche. Le chef du groupe Janelia Harald Hess et le scientifique principal Shan Xu ont conçu ces oscilloscopes pour broyer des fragments très minces du cerveau d’une mouche à l’aide d’un faisceau d’ions focalisé – une approche appelée imagerie FIB-SEM. Les oscilloscopes capturent les images couche par couche, puis les programmes informatiques assemblent ces images en une représentation 3D détaillée du cerveau. Sur la base de ces données, les chercheurs de Janelia ont publié la carte neuronale la plus détaillée du cerveau de la mouche à ce jour.

Au milieu de l’imagerie du cerveau de la mouche, l’équipe de Hess et Shaw a également examiné d’autres échantillons. Au fil du temps, ils ont collecté une gamme de données à partir de nombreux types de cellules, y compris des cellules de mammifères. « Nous avons pensé que cette imagerie détaillée de cellules entières pourrait être d’un plus grand intérêt pour les biologistes cellulaires », a déclaré Hess.

Weigel, alors postdoctorante dans le laboratoire de Lippincott-Schwartz, a commencé à extraire ces données pour ses propres recherches. « La puissance d’analyse de l’imagerie FIB-SEM était incroyable, nous avons pu voir des choses à un niveau que nous n’avions jamais imaginé auparavant, mais il y avait plus d’informations dans un échantillon que je ne pouvais analyser en plusieurs vies », explique Weigel. Réalisant que d’autres personnes chez Janelia travaillaient sur des projets informatiques qui pourraient accélérer les choses, j’ai commencé à organiser une collaboration.

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« Toutes les pièces étaient ici à Janelia », dit-elle, et la formation de l’équipe du projet COSEM a aidé à atteindre un objectif commun.

fixer des limites

Larissa Heinrich, étudiante diplômée dans le laboratoire du chef de groupe Stefan Salfeld, a développé des outils d’apprentissage automatique qui peuvent identifier les synapses, les connexions entre les neurones, dans les données de microscopie électronique. Pour COSEM, il a adapté ces algorithmes pour cartographier ou diviser les organites en cellules à la place.

Les algorithmes de segmentation de Saalfeld et Heinrich ont fonctionné en attribuant un numéro à chaque pixel de l’image. Le nombre reflète la distance entre un pixel et le point d’entrelacement le plus proche. Ensuite, j’ai utilisé cet algorithme de nombres pour identifier et étiqueter toutes les synapses de l’image. Saalfeld dit que les algorithmes COSEM fonctionnent de manière similaire, mais avec plus de dimensions. Ils classent chaque pixel par leur distance à 30 types différents d’organites et de structures. Ensuite, les algorithmes combinent tous ces nombres pour prédire où seront les organites.

En utilisant les données de scientifiques qui ont tracé manuellement les limites des organites et attribué des nombres aux pixels, l’algorithme peut apprendre que certains ensembles de nombres sont irrationnels, explique Saalfeld. « Ainsi, par exemple, un pixel ne peut pas être dans une mitochondrie en même temps dans le réticulum endoplasmique. »

Pour répondre à des questions telles que le nombre de mitochondries dans une cellule ou sa surface, les algorithmes doivent aller plus loin, explique le chef du groupe Jan Funk. Son équipe a construit des algorithmes qui incluent une connaissance préalable des propriétés des organites. Par exemple, les scientifiques savent que les microtubules sont longs et minces. Sur la base de ces informations, l’ordinateur peut juger du début et de la fin des microtubules. L’équipe peut observer comment ces connaissances préalables affectent les résultats d’un programme informatique, qu’elles rendent l’algorithme plus ou moins précis, puis procéder aux ajustements nécessaires.

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Après deux ans de travail, l’équipe COSEM s’est fixée sur un ensemble d’algorithmes qui génèrent de bons résultats pour les données collectées jusqu’à présent. Weigel dit que ces résultats sont une base importante pour les recherches futures sur Janelia. Un nouvel effort mené par Xu amène l’imagerie FIB-SEM à des niveaux de détail encore plus élevés. Une autre équipe de projet qui sera bientôt lancée, appelée CellMap, améliorera les outils et les ressources de COSEM pour créer une base de données plus complète d’annotations cellulaires, avec des images détaillées de nombreux types de cellules et de tissus.

Ensemble, ces avancées soutiendront le prochain domaine de recherche de Janelia pendant 15 ans, la physiologie cellulaire 4D – un effort que Lippincott-Schwartz dirige par intérim pour comprendre comment les cellules interagissent les unes avec les autres au sein de chacun des différents types de tissus qui composent un organisme. , déclare White Korf, directeur des équipes de projet chez Janelia.

Avec de nouvelles ressources telles que celles créées par l’équipe COSEM, « nous pouvons vraiment commencer à répondre à ces questions, d’une manière à laquelle nous n’avons pas pu accéder par le passé », a déclaré Corv.

La source:

Référence de la revue :

Heinrich, L.; et al. (2021) Segmentation des organites de cellules entières en microscopie électronique en volume. tempérer la nature. doi.org/10.1038/s41586-021-03977-3.

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Voyager 1 renvoie des données après que la NASA a réparé à distance une sonde vieille de 46 ans | espace

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Voyager 1 renvoie des données après que la NASA a réparé à distance une sonde vieille de 46 ans |  espace

Le vaisseau spatial le plus éloigné de la Terre, Voyager 1, a recommencé à communiquer correctement avec la NASA après que les ingénieurs ont travaillé pendant des mois pour réparer à distance la sonde vieille de 46 ans.

Le Jet Propulsion Laboratory (JPL) de la NASA, qui construit et exploite le vaisseau spatial robotique de l'agence, il a dit en décembre Que la sonde – à plus de 24 milliards de kilomètres de distance – envoyait un code absurde à la Terre.

dans Mise à jour publiée lundiLe JPL a annoncé que l'équipe de la mission a pu « après quelques investigations innovantes » obtenir des données utilisables sur la santé et l'état des systèmes d'ingénierie de Voyager 1. « La prochaine étape consiste à permettre au vaisseau spatial de recommencer à renvoyer des données scientifiques », a déclaré le JPL. Elle a ajouté que malgré le défaut, Voyager 1 fonctionnait normalement depuis le début.

Lancé en 1977, Voyager 1 a été conçu dans le but principal d'effectuer des études rapprochées de Jupiter et de Saturne au cours d'une mission de cinq ans. Cependant, son voyage s'est poursuivi et le vaisseau spatial approche désormais d'un demi-siècle d'exploitation.

Voyager 1 a pénétré dans l'espace interstellaire en août 2012, ce qui en fait le premier objet fabriqué par l'homme à quitter le système solaire. Il roule actuellement à 37 800 mph (60 821 km/h).

Le dernier problème était lié à l'un des trois ordinateurs à bord du vaisseau spatial, chargé de remplir les données scientifiques et techniques avant de les envoyer sur Terre. Incapable de réparer une puce cassée, l'équipe du JPL a décidé de déplacer le code endommagé ailleurs, une tâche difficile compte tenu de la technologie obsolète.

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Les ordinateurs de Voyager 1 et de sa sœur Voyager 2 disposaient de moins de 70 kilo-octets de mémoire au total, soit l'équivalent d'une image informatique à basse résolution. Ils utilisent de vieilles bandes numériques pour enregistrer des données.

Le correctif a été envoyé depuis la Terre le 18 avril, mais il a fallu deux jours pour évaluer s'il a réussi, car il faut environ 22 heures et demie pour qu'un signal radio atteigne Voyager 1 et encore 22 heures et demie pour la réponse à retourner dans l'espace. Atterrir. « Lorsque l'équipe de vol de la mission a reçu une réponse du vaisseau spatial le 20 avril, elle a constaté que la modification fonctionnait », a déclaré le JPL.

Voyager 1 et 2 ont fait de nombreuses découvertes scientifiques, notamment des enregistrements détaillés de Saturne et la révélation que Jupiter possède également des anneaux, ainsi qu'une activité volcanique active sur l'une de ses lunes, Io. Des sondes ont ensuite découvert 23 nouvelles lunes autour des planètes extérieures.

Parce que leur trajectoire les éloigne du Soleil, les sondes du Voyager sont incapables d'utiliser des panneaux solaires et convertissent à la place la chaleur générée par la désintégration radioactive naturelle du plutonium en électricité pour alimenter les systèmes du vaisseau spatial.

Dans environ 40 000 ans, les deux sondes passeront relativement près, en termes astronomiques, de deux étoiles. Voyager 1 s'approchera à moins de 1,7 années-lumière d'une étoile de la constellation de la Petite Ourse, tandis que Voyager 2 s'approchera à une distance similaire d'une étoile appelée Ross 248 dans la constellation d'Andromède.

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La mesure la plus précise jamais réalisée nous rapproche de la véritable masse de la particule « fantôme ».

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La mesure la plus précise jamais réalisée nous rapproche de la véritable masse de la particule « fantôme ».

La masse au repos des neutrinos fantômes est l’une des quantités les plus recherchées en physique des particules et les scientifiques sont sur le point de la localiser, grâce à une nouvelle expérience menée par des chercheurs de l’Institut Max Planck de physique nucléaire en Allemagne.

Si la masse des neutrinos est connue, cela pourrait ouvrir la porte à une physique au-delà du modèle standard de la physique des particules, qui décrit toutes les forces et particules élémentaires connues de l’univers.

Dire que les neutrinos sont étranges est un euphémisme. Autrefois suggéré qu'il n'y avait pas de masse du tout, il est désormais clair que cette particule à peine existante est en réalité composée de trois types en un, avec des identités oscillant dans un étrange flou quantique alors qu'elle se précipite dans l'espace. Cette faible identité signifie la masse, qui Il se présente sous différentes formesétalé sur l'apparence changeante du neutrino.

Parce qu’ils sont si légers et étranges, les neutrinos ne respectent peut-être pas les mêmes règles que les autres particules. L’ajout précis d’un échantillon de leurs masses incroyablement petites pourrait aider à confirmer et à exclure de nouveaux modèles en physique des particules.

Cependant, les physiciens ne peuvent pas peser des groupes de neutrinos stationnaires comme des raisins sur une balance. Au lieu de, Ils peuvent juste Confirmer l'existence Ces particules subatomiques en examinant leurs interactions avec d'autres particules, ou En mesurant les produits Leur décadence. C'est peut-être juste la particule Présent pour le plus bref instant Mais à ce moment-là, il laisse sa marque, ou une trace, à partir de laquelle les physiciens peuvent déduire la masse.

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Cependant, sans charge et pratiquement sans force gravitationnelle, les neutrinos n’exercent que les forces les plus faibles sur les autres particules. En fait, des milliards de neutrinos traversent votre corps en ce moment, la plupart provenant du Soleil, mais… Ils interagissent rarement Avec nous.

Cependant, ce n’est pas parce qu’ils ont peu d’effet sur les autres particules subatomiques que les neutrinos ne constituent pas une partie essentielle de la matière. qu'ils Les molécules les plus abondantes Qui ont une masse dans l'univers, et savoir ce qui donne à ces différences entre les neutrinos des masses si petites, non nulles, peut aider les physiciens à résoudre ou à comprendre certaines des divergences du modèle standard que présentent les neutrinos dans la façon dont ils oscillent.

Les physiciens améliorent régulièrement leurs meilleures estimations des limites supérieures des masses individuelles et collectives des neutrinos en utilisant différentes méthodes. La mesure la plus précise à ce jour d'une « saveur » appelée neutrino électronique a révélé qu'elle ne pouvait pas dépasser 0,8 MeV. Traduisant cela en masse en termes de 1 kilogramme (ou 2,2 livres), cela équivaut au poids de quatre raisins secs par rapport au soleil.

L'estimation la plus récente a été déterminée en février 2022 par l'expérience Karlsruhe Tritium Neutrino (Catherine) en Allemagne, a été déduite de la pulvérisation d'électrons et de neutrinos émise comme une forme super-lourde de désintégration de l'hydrogène.

Une autre façon d'obtenir la masse d'un neutrino, aussi légère soit-elle, consiste à étudier ce qui se passe lorsque le noyau atomique de l'isotope artificiel holmium-163 absorbe un électron de sa coque interne. En conséquence, un proton se transforme en neutron, du dysprosium-163 est produit et un neutrino est libéré.

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Les physiciens peuvent alors mesurer l'énergie totale libérée lors de cette désintégration à l'aide d'un type de calorimètre et en déduire la masse du neutrino « manquant » qui a volé dans l'éther en se basant sur la masse totale de l'atome et la célèbre équation d'Einstein, E = mc2.2Où masse et énergie sont égales.

Ceci est calculé comme ce qu'on appelle valeur x: Une différence d'énergie qui peut se traduire par la masse « perdue » de la somme des particules atomiques après une réaction de désintégration. Cette différence de masse est interprétée comme un neutrino.

Cependant, les atomes d'or dans lesquels l'holmium-163 est présent peuvent affecter cette réaction de désintégration, Il explique Christoph Schweiger, physicien à l'Institut Max Planck de physique nucléaire et auteur principal de la nouvelle étude.

« Il est donc important de mesurer la valeur Q le plus précisément possible à l'aide d'une méthode alternative et de la comparer à la valeur déterminée par calorimétrie afin de détecter d'éventuelles sources d'erreur systématiques. » Il dit.

Pour ce faire, Schweiger et ses collègues ont mis en place une expérience combinant cinq soi-disant Pièges à écrireempilés les uns sur les autres à l'intérieur d'un aimant supraconducteur placé sous vide et immergé dans de l'hélium liquide à environ 4 degrés Kelvin (-269,1 degrés Celsius ou -452,5 degrés Fahrenheit).

PENTATRAP se compose de cinq pièges à écriture empilés les uns sur les autres, comme le montre la tour centrale jaune. (MPI pour la physique nucléaire)

Tous ces efforts contribuent à protéger l’équipement afin qu’il soit suffisamment sensible pour capturer les particules dans les pièges de Penning et mesurer d’infimes différences d’énergie entre les ions chargés d’holmium-163 et de dysprosium-163.

« Avec un Airbus A-380 doté d'une charge utile maximale, vous pouvez utiliser cette sensibilité pour déterminer si une seule goutte d'eau s'est posée dessus », a déclaré Schweiger. Il dit.

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En fait, les chercheurs ont mesuré les ions holmium-163 entrants et les ions dysprosium-163 résultants pour arriver à une valeur Q de 2863,2 ± 0,6 eVC.-2qui est 50 fois plus précise que la tension précédente, qui atteignait une valeur de 2833 ± 34 V C.-2.

L’utilisation d’une valeur Q plus précise et mesurée de manière indépendante en conjonction avec d’autres résultats expérimentaux « est essentielle pour évaluer les incertitudes systématiques dans la détermination de la masse des neutrinos », expliquent Schweiger et ses collègues. Écrire dans leur article publié.

Bien qu'il ne s'agisse que d'une pièce du puzzle, une résolution améliorée dans des mesures telles que Q peut être combinée à un large éventail de méthodes pour comprendre pourquoi les fantômes étranges et chatoyants du monde des particules se comportent comme des esprits frappeurs.

L'étude a été publiée dans Physique naturelle.

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La NASA invite les médias à découvrir une nouvelle mission technique propulsée par le Soleil

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La NASA invite les médias à découvrir une nouvelle mission technique propulsée par le Soleil

Une nouvelle mission de la NASA teste une nouvelle façon de naviguer dans notre système solaire en levant sa voile dans l'espace pour capter non pas le vent, mais la force motrice de la lumière du soleil.

Le système avancé de voile solaire composite de la NASA est dirigé par le centre de recherche Ames de l'agence dans la Silicon Valley en Californie. Un CubeSat de la taille d'un four à micro-ondes devrait être lancé À bord d'une fusée Rocket Lab Electron depuis le Launch Complex 1 de la société sur la péninsule de Mahia en Nouvelle-Zélande. La fenêtre de lancement s'ouvre à 15h PDT Mardi 23 avril (22h UTC). Le déploiement et l’exploitation réussis de bras à voile solaire composites légers démontreront leur capacité et ouvriront la porte à des missions à grande échelle sur la Lune, sur Mars et au-delà.

Une fois en orbite, à environ 600 milles au-dessus de la Terre, le CubeSat déploiera un système de voile solaire composite léger, alimenté par l'énergie solaire, mesurant plus de 800 pieds carrés. Tout comme un voilier utilise le vent pour traverser l'océan, la technologie des voiles solaires utilisera la pression de la lumière du soleil pour voyager dans l'espace et effectuer une série de manœuvres pour démontrer l'élévation et l'abaissement de l'orbite. Tout au long de l'exposition, le vaisseau spatial peut être visible à l'œil nu dans le ciel nocturne.

Les médias intéressés à planifier une interview avec l'un des ingénieurs de la NASA Ames impliqués dans le développement de CubeSat doivent envoyer un e-mail au bureau des communications de la NASA Ames à [email protected].

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Une bobine de ressources informatives comprend des clips animés du système de voile solaire ici.

Recevez des mises à jour de lancement, des dernières nouvelles et des photos sur Petit blog satellite Et la NASA Ames aussi Instagram, FacebookEt X.

Pour plus d’informations sur le centre de recherche Ames de la NASA, visitez :

https://www.nasa.gov/ames

-fin-

Rachel Hoover

Centre de recherche Ames, Silicon Valley, Californie.
650-604-4789

[email protected]

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