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Bioinformatique : des chercheurs développent une nouvelle approche de l’apprentissage automatique

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Pour lutter contre les virus, bactéries et autres pathogènes, la biologie synthétique propose de nouvelles approches technologiques dont les performances sont validées expérimentalement. Des chercheurs de l’Institut Helmholtz de Würzburg pour la recherche sur les infections à base d’ARN et de la coopérative Helmholtz AI ont appliqué l’intégration de données et l’intelligence artificielle (IA) pour développer une approche d’apprentissage automatique capable de prédire l’efficacité des technologies CRISPR avec plus de précision qu’auparavant. Les résultats ont été publiés aujourd'hui dans la revue Biologie du génome.

Le génome d'un organisme, ou ADN, comprend un modèle de protéines et régule la production de nouvelles cellules. Dans le but de combattre les agents pathogènes, de traiter les maladies génétiques ou d’obtenir d’autres effets positifs, les techniques de biologie moléculaire CRISPR sont utilisées pour modifier ou faire taire spécifiquement les gènes et empêcher la production de protéines.

L'un de ces outils de biologie moléculaire est CRISPRi (de « interférence CRISPR »). CRISPRi bloque les gènes et leur expression sans modifier la séquence d'ADN. Comme pour le système CRISPR-Cas, également connu sous le nom de « ciseaux à gènes », cet outil comprend de l'acide ribonucléique (ARN), qui agit comme un ARN guide pour guider l'exonucléase (Cas). Contrairement aux ciseaux génétiques, les endonucléases CRISPRi se lient uniquement à l’ADN sans le couper. Cette liaison fait que le gène correspondant n'est pas transcrit et reste donc silencieux.

Jusqu’à présent, il était difficile de prédire les performances de cette méthode pour un gène particulier. Des chercheurs de l'Institut Helmholtz de Würzburg pour la recherche sur les infections à base d'ARN (HIRI), en collaboration avec l'Université de Würzburg et la Helmholtz Artificial Intelligence Collaboration (Helmholtz AI), ont développé une approche d'apprentissage automatique utilisant l'intégration de données et l'intelligence artificielle (IA) pour améliorer ces prédictions pour l’avenir.

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l'approche

Les écrans CRISPRi sont un outil très sensible qui peut être utilisé pour étudier les effets d’une diminution de l’expression des gènes. Dans leur étude publiée aujourd'hui dans la revue biologie du génome, Les scientifiques ont utilisé les données de plusieurs écrans CRISPRi de base à l’échelle du génome pour entraîner l’approche d’apprentissage automatique. Leur objectif : mieux prédire l’efficacité des ARN guides modifiés déployés dans le système CRISPRi.

« Malheureusement, les analyses à l'échelle du génome ne fournissent que des informations indirectes sur l'efficacité du guide », explique Lars Barquist. « Nous avons donc appliqué une nouvelle méthode d'apprentissage automatique qui sépare l'efficacité de l'ARN guide de l'effet d'un gène silencieux. » Le biologiste computationnel a lancé l'étude et dirige le groupe de recherche en bioinformatique de l'Institut Helmholtz de Würzburg, un site du Centre Helmholtz de Braunschweig pour la recherche sur les infections en collaboration avec l'Université Julius Maximilian de Würzburg.

Avec le soutien d’outils d’intelligence artificielle supplémentaires (« IA explicable »), l’équipe a établi des règles de conception compréhensibles pour les futures expériences CRISPRi. Les auteurs de l'étude ont validé leur approche en effectuant un test indépendant ciblant les gènes bactériens essentiels, montrant que leurs prédictions étaient plus précises que les méthodes précédentes.

« Les résultats montrent que notre modèle surpasse les méthodes existantes et fournit des prédictions plus fiables des performances de CRISPRi lors du ciblage de gènes spécifiques », explique Yanying Yu, doctorant dans le groupe de recherche de Lars Barquist et premier auteur de l'étude.

Les scientifiques ont été particulièrement surpris de constater que l’ARN guide lui-même n’est pas le principal facteur déterminant l’épuisement de CRISPRi dans les examens de base. « Certaines caractéristiques génétiques spécifiques associées à l'expression des gènes semblent avoir une influence plus grande qu'on ne le pensait auparavant », explique Yu.

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L’étude révèle également que l’intégration des données provenant de plusieurs ensembles de données améliore considérablement la précision prédictive et permet une évaluation plus fiable de l’efficacité de l’ARN guide. « Il est essentiel d'élargir nos données d'entraînement en combinant plusieurs expériences pour créer de meilleurs modèles de prévision. Avant notre étude, le manque de données constituait un facteur majeur limitant la précision des prévisions », résume le professeur junior Barquist. L'approche publiée aujourd'hui sera très utile pour planifier des expériences CRISPRi plus efficaces à l'avenir et servira à la fois à la biotechnologie et à la recherche fondamentale. « Notre étude fournit un modèle pour développer des outils plus précis pour manipuler l'expression des gènes bactériens et, à terme, aider à mieux comprendre et contrôler les agents pathogènes », explique Barquist.

Les résultats en un coup d'oeil

• Les caractéristiques génétiques sont importantes : les caractéristiques des gènes cibles ont un impact majeur sur la déplétion ciblée de l'ARN dans les criblages à l'échelle du génome.

• L'intégration des données améliore les prédictions : la combinaison des données de plusieurs écrans CRISPRi améliore considérablement la précision des modèles de prédiction et permet des estimations plus fiables de l'efficacité de l'ARN guide.

• Concevoir de meilleures expériences CRISPRi : l'étude fournit des informations précieuses sur la conception d'expériences CRISPRi plus efficaces en prédisant l'efficacité des ARN guides, permettant ainsi des stratégies précises de silençage génétique.

Finance

L'étude a été soutenue par le financement du ministère bavarois des Sciences et des Arts à travers bayresq.net Réseau de recherche.

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La « Main de Dieu » capturée par un télescope chilien offre un aperçu de la majesté cosmique

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La « Main de Dieu » capturée par un télescope chilien offre un aperçu de la majesté cosmique

Le handball fantomatique de Dieu capturé par la caméra à énergie sombre (DECam) | Image : CTIO/NOIRLab/DOE/NSF/AURA

Dans leur quête incessante pour percer les mystères de l’univers, les astronomes ont réalisé une nouvelle avancée majeure avec une découverte étonnante réalisée par un nouveau télescope au Chili. La dernière merveille de l’exploration cosmique se présente sous la forme d’une image si captivante qu’elle a été surnommée la « Main de Dieu ». Ce spectacle céleste, officiellement connu sous le nom de CG 4, est une boule cométaire située à environ 1 300 années-lumière dans la constellation de Puppis.

La caméra à énergie sombre (DECam), montée sur le Victor M. Le Blanco de 4 mètres de diamètre de l’Observatoire interaméricain de Cerro Tololo est l’instrument responsable de cette capture remarquable. L’image révèle une structure inquiétante, éthérée, semblable à une main, s’étendant à travers la Voie lactée, ses « doigts » composés de nuages ​​denses de gaz et de poussière.

Les globules comètes comme CG 4 sont des phénomènes astronomiques intéressants caractérisés par des nuages ​​denses et isolés entourés de matière chaude et ionisée. Malgré leur nom, ces structures n’ont rien à voir avec les comètes, mais tirent leur surnom de leur apparence comète, contenant souvent un excès de matière ressemblant à la queue d’une comète. La queue de CG 4 s’étend sur environ huit années-lumière, tandis que la main elle-même mesure 1,5 années-lumière.

Les mécanismes de formation des globules cométaires restent un sujet de débat scientifique, avec des hypothèses allant des effets sculpteurs des vents stellaires à l’influence des explosions de supernova. Les images comme celles capturées par DECam jouent un rôle central dans l’élucidation des processus derrière ces formations mystérieuses, aidant ainsi les astronomes dans leur quête de compréhension.

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Les capacités uniques de DECam le rendent exceptionnellement bien adapté à l’observation d’objets célestes faibles. Équipé d’un filtre alpha à hydrogène, il peut imager l’hydrogène ionisé, pénétrant dans la poussière cosmique qui obscurcit souvent de minuscules formations telles que les globules cométaires. Les images qui en résultent présentent non seulement un intérêt scientifique, mais possèdent également une beauté captivante qui enflamme l’imagination.

La « Main de Dieu » immortalisée par DECam n’est pas seulement un spectacle visuel mais aussi une région d’une grande importance pour l’activité stellaire. La tête sphérique de la comète, éclairée par la lumière d’une étoile proche, révèle des détails complexes sur sa structure et sa composition. Pendant ce temps, sa queue allongée fait partie de la Grande Nébuleuse, une nébuleuse en émission située à environ 1 400 années-lumière.

La nébuleuse de la gomme, où se trouve la main de Dieu, est une vaste étendue de régions de formation d’étoiles. On pense que cette nébuleuse, qui s’étend selon un angle de 35 degrés, est le vestige d’une ancienne explosion de supernova et continue de s’étendre et de se développer sur des millions d’années.

L’image « Main de Dieu » capturée par DECam sert de passerelle vers la dynamique en cours au sein de la nébuleuse de la Gomme. Les données collectées à partir de ces images contribuent de manière significative à notre compréhension des processus de formation des étoiles et de la dynamique complexe des environnements nébulaires, améliorant ainsi l’exploration de l’univers par l’humanité.

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Des vortex électroniques ont été découverts dans le graphène

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Des vortex électroniques ont été découverts dans le graphène

Des chercheurs de l’ETH Zurich ont montré pour la première fois comment les électrons forment des tourbillons dans un matériau à température ambiante. Leur expérience a utilisé un microscope à détection quantique à extrêmement haute résolution.

Lorsqu’un conducteur électrique ordinaire – tel qu’un fil métallique – est connecté à une batterie, les électrons du conducteur sont accélérés par le champ électrique généré par la batterie. Lorsqu’ils se déplacent, les électrons entrent fréquemment en collision avec des atomes d’impuretés ou des lacunes dans le réseau cristallin du fil, convertissant une partie de leur énergie cinétique en vibrations du réseau. L’énergie perdue au cours de ce processus se transforme en chaleur qui peut être ressentie, par exemple, en touchant une ampoule à incandescence.

Alors que les collisions avec les impuretés du réseau se produisent fréquemment, les collisions entre électrons sont beaucoup plus rares. Cependant, la situation change lorsque le graphène, une seule couche d’atomes de carbone disposés dans un réseau en nid d’abeilles, est utilisé à la place d’un fil de fer ou de cuivre ordinaire. Dans le graphène, les collisions d’impuretés sont rares et les collisions entre électrons jouent le rôle principal. Dans ce cas, les électrons se comportent comme un fluide visqueux. Par conséquent, des phénomènes d’écoulement bien connus, tels que des tourbillons, devraient se produire dans la couche de graphène.

Microscope à détection quantique haute sensibilité

Les vortex se sont formés en petits disques circulaires, que Degen et ses collègues ont attachés pendant le processus de fabrication à un ruban de graphène conducteur d’à peine un micromètre de large. Les disques avaient différents diamètres allant de 1,2 à 3 µm. Les calculs théoriques indiquent que des vortex électroniques devraient se former dans les disques plus petits, mais pas dans les disques plus grands.

Pour rendre les vortex visibles, les chercheurs ont mesuré de petits champs magnétiques produits par les électrons circulant dans le graphène. À cette fin, ils ont utilisé un capteur de champ magnétique quantique constitué d’un centre dit de lacune d’azote (NV) intégré dans la pointe d’une aiguille en diamant. Étant un défaut atomique, le centre NV se comporte comme un objet quantique dont les niveaux d’énergie dépendent d’un champ magnétique externe. À l’aide de faisceaux laser et d’impulsions micro-ondes, les états quantiques du centre peuvent être préparés de manière à être le plus sensible possible aux champs magnétiques. En lisant les états quantiques avec un laser, les chercheurs ont pu déterminer très précisément l’intensité de ces champs.

Sens d’écoulement inversé

Dans leurs mesures, les chercheurs ont remarqué un signe distinctif des tourbillons attendus dans les disques plus petits : une inversion de la direction du flux. Alors que dans le transport normal (diffus) des électrons, les électrons dans la bande et le disque circulent dans la même direction, dans le cas d’un vortex, le sens du flux à l’intérieur du disque est inversé. Comme le prédisaient les calculs, aucun tourbillon n’a pu être observé dans les disques les plus grands.

« Grâce à notre capteur très sensible et à notre haute résolution spatiale, nous n’avons même pas eu besoin de refroidir le graphène et avons pu réaliser des expériences à température ambiante », explique Palm. De plus, lui et ses collègues ont découvert non seulement des vortex électroniques, mais également des vortex formés par des porteurs de trous. En appliquant une tension sous le graphène, ils ont modifié le nombre d’électrons libres de telle manière que le flux de courant n’était plus transporté par les électrons, mais par les électrons manquants, également appelés trous. Ce n’est qu’au point de neutralité de charge, où se trouve une petite concentration équilibrée d’électrons et de trous, que les vortex ont complètement disparu.

« À l’heure actuelle, la détection des vortex électroniques constitue une recherche fondamentale, et de nombreuses questions restent encore en suspens », explique Palm. Par exemple, les chercheurs doivent encore savoir comment les collisions d’électrons avec les limites du graphène affectent le modèle d’écoulement et quels effets se produisent dans les structures plus petites. La nouvelle méthode de détection utilisée par les chercheurs de l’ETH permet également d’examiner de plus près de nombreux autres effets exotiques de transfert d’électrons dans des structures microscopiques – des phénomènes qui se produisent à des échelles de longueur allant de plusieurs dizaines de nanomètres à quelques micromètres.

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La recherche sur la structure des centromères donne de nouvelles informations sur les mécanismes des erreurs de ségrégation chromosomique

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Des chercheurs du groupe COPS, en collaboration avec des chercheurs de l’Université d’Édimbourg, ont fait une nouvelle découverte surprenante dans la structure du centromère, la structure impliquée pour garantir que les chromosomes se séparent correctement lorsqu’une cellule se divise. Des erreurs dans la ségrégation des chromosomes peuvent entraîner la mort cellulaire et le développement d’un cancer. Les chercheurs ont découvert que le centromère se compose de deux sous-domaines. Cette découverte fondamentale a des implications importantes pour le processus de ségrégation des chromosomes et fournit de nouveaux mécanismes sous-jacents aux divisions défectueuses des cellules cancéreuses. La recherche a été publiée dans cellule Le 13 maioui 2024.

Notre corps est constitué de milliards de cellules, dont la plupart ont une durée de vie limitée et doivent donc se reproduire pour remplacer les vieilles cellules. Ce processus de reproduction est appelé division cellulaire ou mitose. Lors de la mitose, la cellule mère duplique ses chromosomes afin de transmettre le matériel génétique aux cellules filles. Les paires de chromosomes identiques qui en résultent, les chromatides sœurs, sont maintenues ensemble par une structure appelée centromère. Les chromatides sœurs doivent ensuite être divisées à parts égales entre les deux cellules filles pour garantir que chaque cellule fille est une copie exacte de la cellule mère. Si des erreurs se produisent lors de la ségrégation, une cellule fille aura trop de chromosomes, tandis que l’autre en aura trop peu. Cela peut conduire à la mort cellulaire ou au développement d’un cancer.

Le rôle du centromère

Le centromère est une partie du chromosome qui joue un rôle essentiel dans la ségrégation des chromosomes pendant la mitose. Le processus de division des chromatides sœurs sur les cellules est dirigé par l’interaction entre les centromères et les structures appelées microtubules du fuseau. Ces microtubules fusiformes sont responsables du désassemblage des chromatides et ainsi de la séparation des chromatides sœurs. « Si l’attachement du centromère aux microtubules du fuseau ne se produit pas correctement, cela conduit à des erreurs de ségrégation chromosomique fréquemment observées dans le cancer », explique Carlos Sacristan Lopez, premier auteur de cette étude. Comprendre la structure des centromères peut contribuer à mieux comprendre la fonction des centromères et son rôle dans la mauvaise ségrégation des chromosomes.

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grève

Pour étudier la structure du centromère, les chercheurs ont utilisé une combinaison de techniques d’imagerie et de séquençage. L’imagerie par microscopie à super-résolution a été réalisée à l’Institut Hubrecht, tandis que le groupe de Bill Earnshaw effectuait le séquençage. Cette collaboration a conduit à une nouvelle découverte surprenante dans la structure du centromère. On pensait auparavant qu’il s’agissait d’une structure compacte attachée à des microtubules multi-fuseaux, mais il s’est avéré que le centromère était constitué de deux sous-domaines. « C’était une découverte très surprenante, car les sous-domaines lient les microtubules indépendamment les uns des autres », explique Carlos. Cependant, pour former les bonnes associations, ils doivent rester étroitement liés. Cependant, dans les cellules cancéreuses, on observe souvent que les sous-domaines ne sont pas associés, conduisant à de fausses associations et à des erreurs de ségrégation chromosomique.

Cette découverte passionnante et très fondamentale contribue à notre compréhension de l’origine des erreurs de ségrégation chromosomique qui apparaissent fréquemment dans le cancer.

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