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Technologie Tricorder : PicoRuler : règles moléculaires pour la microscopie haute résolution

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Technologie Tricorder : PicoRuler : règles moléculaires pour la microscopie haute résolution

PicoRuler : les règles moléculaires basées sur des protéines permettent de tester la résolution optique des méthodes de microscopie à super-résolution de pointe sur des biomolécules dans la gamme inférieure à 10 nm dans des conditions réalistes. (Photo : Gerti Bilyeu / Université de Würzburg, création DALL·E 3)

Note de l’éditeur: Vous et/ou vos assistants robotiques explorez un nouveau monde où la vie existe. Vous essayez de comprendre la génomique de base, la structure cellulaire et d’autres aspects de sa structure de base. Vous êtes très loin de chez vous et avez besoin d’informations à envoyer à votre domicile mais aussi pour orienter vos sorties de recherche et vos études en laboratoire sur place. Avoir un capteur 3D/portable capable de collecter de telles informations et de les transmettre à votre base d’origine pour une imagerie super-résolution pourrait être un excellent outil. Comment allons-nous équiper les explorateurs humains et robotiques de systèmes d’imagerie pour les missions d’équipe à distance ?


Les dernières méthodes de microscopie à super-résolution atteignent désormais une résolution optique de l’ordre de quelques nanomètres. Cela correspond à la résolution dans la gamme de tailles des molécules cellulaires. Cependant, il n’a pas encore été possible de vérifier la précision obtenue sur des éléments constitutifs cellulaires tels que des complexes multiprotéiques – car il n’existait pas de systèmes de référence biomoléculaires pouvant être marqués avec des colorants à des endroits précis à une distance de quelques nanomètres.

Une équipe dirigée par le Dr Gerti Bilyeu et le professeur Markus Sauer du Centre Rudolf Virchow – le Centre de bioimagerie intégrative et translationnelle de l’Université Julius Maximilians (JMU) de Würzburg en Bavière, en Allemagne, a marqué un tournant. Dans la revue Advanced Materials, ils présentent de nouvelles règles moléculaires biocompatibles, les PicoRulers (règles optiques pour l’étalonnage d’imagerie à base de protéines).

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En utilisant l’expansion du code génétique et la chimie des clics, l’équipe a réussi à construire ces règles moléculaires personnalisées. Ils peuvent être utilisés comme structures de référence biomoléculaires précises en microscopie à fluorescence.

Architecture PicoRuler basée sur PCNA pour la microscopie à super-résolution inférieure à 10 nm. A) Représentation de la conception de la règle PCNA, montrant les positions de trois fluorophores identiques à des intervalles de 6 nm. Ceci a été réalisé grâce à l’épitaxie bioorthogonale de ncAA, qui ont été spécifiquement introduits sur le site du PCNA par le GCE. Comme échantillon de référence, nous avons utilisé du PCNA marqué avec DOL ≈0,4. B) SDS-PAGE montrant la pureté du WT PCNA après chaque étape de purification. L : échelle protéique, His : après chromatographie d’affinité au nickel, Strep-Trap : après chromatographie d’affinité Strep-tag et SEC : après chromatographie d’exclusion de taille. La bande du monomère PCNA est marquée d’un triangle rouge. C) PCNA-6 (S186Norb) imagé par TEM sous coloration négative avec de l’acétate d’uranyle. D) Chromatogramme SEC de PCNA-6 (S186Norb) après marquage avec H-Tet-Cy5, confirmant la conjugaison réussie des fluorophores à la protéine PCNA. La fraction contenant le PicoRuler étiqueté est affichée en bleu. Barre d’échelle 5 nm (c) – Matériaux avancés

Un chef-d’œuvre technologique : la précision au niveau moléculaire

Les PicoRulers sont basés sur la protéine en trois parties PCNA (antigène nucléaire de cellules en prolifération), qui joue un rôle clé dans la réplication et la réparation de l’ADN. En insérant soigneusement des acides aminés non naturels dans des emplacements précisément définis, cette protéine a été modifiée de telle manière qu’elle peut cliquer spécifiquement sur des colorants fluorescents ou d’autres molécules avec une erreur de liaison minimale.

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Cela permet aux chercheurs de tester l’exactitude des dernières méthodes de microscopie à super-résolution avec une résolution sans précédent sur une biomolécule cellulaire précisément définie.

Markus Sauer s’enthousiasme : « La capacité d’analyser des structures biologiques réelles à un niveau inférieur à 10 nm représente une nouvelle ère dans l’imagerie biologique. Par rapport aux macromolécules synthétiques utilisées précédemment, nos PicoRulers ne sont pas seulement biocompatibles. Ils offrent également une précision inégalée pour tester la précision sous conditions réalistes.

Ouvrir la porte à l’étude de processus complexes dans les cellules

L’application de cette technologie s’étend au-delà des frontières traditionnelles de la microscopie. «Nos PicoRulers ne sont pas seulement un outil permettant d’effectuer des mesures plus précises, mais elles ouvrent également la porte à une étude plus approfondie et plus détaillée des processus complexes qui se produisent à l’intérieur de nos cellules», explique Gertie Bilyeu.

Évaluation photophysique des PicoRulers basés sur PCNA et de l’origami ADN. a, b) Images dSTORM sélectionnées de PicoRulers triplement marqués (DOL ≈ 3,0) et (b) d’origami d’ADN (DOL ≈ 3,0) avec des distances interfluorophores de 6 nm, ainsi que leurs échantillons de référence à marquage unique (réf). Alors que chaque origami d’ADN contient un seul fluorophore, l’échantillon de référence PCNA affiche un DOL ≈0,4 et contient donc également des molécules PCNA non marquées et doublement marquées (taille de pixel 2 nm). Barres d’échelle, 10 nm. c) Occurrence relative des durées de vie OFF, nombre d’états (événements) détectés à partir de PicoRulers individuels dans les expériences dSTORM et nombre d’événements (localisations) détectés par image en fonction du temps (analyse d’empreintes digitales). d) Images FLIM de PicoRulers marqués H-Tet-Cy5 (la référence étiquetée individuellement est affichée en gris et un PicoRuler mesuré par triple-clic est affiché dans une boîte magenta) par imagerie confocale TCSPC dans un tampon de photo-commutation à une intensité d’irradiation de ≈ 2,5 kW cm−2. Pour minimiser le photoblanchiment du fluorophore, les images FLIM ont été enregistrées avec un temps d’intégration de 25 µs pour chaque pixel. Aucun seuil de gravité n’a été appliqué. Barres d’échelle, 2 μm. E) Désintégrations moyennes de fluorescence des PCNA PicoRulers étiquetés avec un (gris) ou trois (violets) fluorophores Cy5. f) Rapports Nc/Nl,av déterminés pour les molécules PCNA de référence à marquage unique et les PicoRulers à triple marquage dans des expériences de résistance à la collecte de photons (n ​​= 13) – Matériaux avancés.

Fort potentiel pour de futures applications

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Le développement ultérieur des PicoRulers pourrait modifier à long terme l’imagerie biologique et médicale avec une résolution moléculaire. Pour la première fois, il est devenu possible de valider et d’améliorer le potentiel de résolution de nouvelles méthodes de microscopie à super-résolution sur des échantillons biologiques. Cela en fait un outil précieux pour élucider l’organisation moléculaire et l’interaction des biomolécules dans les cellules à l’avenir.

PCNA en tant que nanoéchelle à base de protéines pour l’imagerie par fluorescence inférieure à 10 nmMatériaux avancés (accès libre)

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La mission historique de l’astronaute Polaris Dawn de SpaceX a été reportée à la mi-août

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La mission historique de l’astronaute Polaris Dawn de SpaceX a été reportée à la mi-août

Nous devrons tous attendre encore un peu pour assister au tout premier vol spatial privé.

SpaceX vise désormais la mi-août pour lancer Polaris Dawn, une mission financée par l’homme d’affaires milliardaire Jared Isaacman. Le prochain vol, qui utilisera le vaisseau spatial Crew Dragon et la fusée Falcon 9 de SpaceX, devait décoller au plus tard le 31 juillet.

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Le T. rex était peut-être beaucoup plus lourd et plus long qu’on ne le pensait auparavant – étude

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Le T. rex était peut-être beaucoup plus lourd et plus long qu’on ne le pensait auparavant – étude

Les chercheurs suggèrent que le Tyrannosaurus rex était peut-être 70 % plus lourd qu’on ne le pensait auparavant et 25 % plus long.

Le plus grand T. rex jamais trouvé vivant pourrait être beaucoup plus grand que le plus grand spécimen actuellement connu, puisqu’il pèse environ 15 tonnes au lieu de 8,8 tonnes et mesure 15 mètres de long au lieu de 12 mètres, selon l’étude.

De nombreux dinosaures plus grands appartenant à divers groupes ont été identifiés à partir d’un seul bon spécimen fossile.

Il est donc impossible de savoir si cet animal est un grand ou un petit exemplaire de cette espèce.

Les chercheurs soulignent que déterminer quel dinosaure était le plus grand, sur la base d’une poignée de fossiles, n’a pas beaucoup de sens.

Dans la nouvelle étude, le Dr Jordan Malone du Musée canadien de la nature à Ottawa, au Canada, et le Dr David Hone de l’Université Queen Mary de Londres, ont utilisé la modélisation informatique pour évaluer un groupe de dinosaures T. rex.

Ils ont pris en compte des facteurs tels que la taille de la population, le taux de croissance, la durée de vie moyenne et le caractère incomplet des archives fossiles.

« Notre étude suggère que pour les grands animaux fossiles tels que le T. rex, nous n’avons aucune idée, d’après les archives fossiles, de la taille absolue qu’ils ont pu atteindre », a déclaré le Dr Malone.

« C’est amusant de penser à un T. rex de 15 tonnes, mais les implications sont également intéressantes d’un point de vue biomécanique ou écologique. »

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Le Dr Hohn a déclaré : « Il est important de souligner qu’il ne s’agit pas vraiment du T. rex, qui constitue la base de notre étude, mais que cette question s’applique à tous les dinosaures et à de nombreuses autres espèces fossiles.

« Se disputer sur « qu’est-ce qui est le plus gros ? » en se basant sur quelques squelettes n’a pas vraiment de sens. »

Le T. rex a été choisi pour le modèle car bon nombre de ses détails étaient déjà bien appréciés.

Le modèle est basé sur des modèles de crocodiles vivants, choisis en raison de leur grande taille et de leur relation étroite avec les dinosaures.

Les chercheurs ont découvert que les plus grands fossiles connus de T. rex se situent probablement dans le 99e centile, soit le 1 pour cent supérieur de la taille du corps.

Cependant, ils soulignent que pour trouver un animal parmi les 99,99 pour cent (un tyrannosaure sur dix mille), les scientifiques devraient fouiller des fossiles au rythme actuel pendant encore 1 000 ans.

Les estimations de taille sont basées sur un modèle, mais la découverte de géants d’espèces modernes suggère qu’il devait encore y avoir des dinosaures plus grands.

« Certains des os et morceaux isolés indiquent clairement des individus plus gros que les squelettes dont nous disposons actuellement », a déclaré le Dr Hoon.

Les résultats ont été publiés dans la revue Ecology and Evolution.

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Comment des physiciens américains ont joué à Dieu et ont créé un nouvel élément appelé Livermorium à l’aide d’un faisceau de particules de titane

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Comment des physiciens américains ont joué à Dieu et ont créé un nouvel élément appelé Livermorium à l’aide d’un faisceau de particules de titane

Un scientifique du Lawrence Berkeley National Laboratory travaille sur un dispositif de séparation lors d’une expérience. Crédit image : Laboratoire national Lawrence Berkeley

Une équipe de scientifiques et de chercheurs du Lawrence Berkeley National Laboratory en Californie a récemment annoncé une réalisation révolutionnaire : la création du Livemorium, ou élément 116, à l’aide d’un faisceau de particules de titane.

C’est la première fois qu’un hépatique est fabriqué de cette manière, rapprochant les chercheurs de l’insaisissable « îlot de stabilité », où les éléments très lourds sont censés avoir une durée de vie plus longue, ce qui les rend plus faciles à étudier. Plus important encore, c’est la première fois qu’un objet extrêmement lourd est fabriqué de cette manière par des humains.

Rainer Kröcken, directeur des sciences nucléaires au Berkeley Lab, a exprimé son optimisme quant à la découverte, soulignant la nature collaborative de l’expérience. Il a déclaré que la production de l’élément 120, la prochaine cible, prendrait beaucoup plus de temps mais semblait désormais possible. Annoncé lors de la conférence Nuclear Structure 2024, l’article sera bientôt disponible sur le référentiel de prépublications arXiv et sera soumis à la revue Physical Review Letters.

Utilisation innovante d’une poutre en titane pour créer l’élément 116
Dans leur expérience, les scientifiques ont utilisé un faisceau de titane-50, un isotope spécifique, pour générer du Livemorium, ce qui en fait l’élément le plus lourd créé à ce jour au laboratoire de Berkeley. Ce laboratoire a une riche histoire de découverte d’éléments, qui a contribué à l’identification de 16 éléments allant du technétium (43) au seaborgium (106).

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Jacqueline Gates, qui a dirigé le dernier effort, a exprimé sa confiance dans les résultats, notant que les chances que les résultats soient une anomalie statistique sont très faibles. Le processus impliquait de chauffer le titane à environ 3 000 °F (1 649 °C) jusqu’à ce qu’il se vaporise. L’équipe a ensuite bombardé le titane vaporisé avec des micro-ondes, en enlevant 22 électrons et en préparant les ions pour l’accélération dans un cyclotron de 88 pouces au laboratoire de Berkeley.

Les ions de titane accélérés sont dirigés vers une cible de plutonium, des milliards d’ions frappant la cible chaque seconde. Ce bombardement intense a finalement créé deux atomes de Livermorium sur une période de 22 jours. L’utilisation du titane à cette fin représente une nouvelle technologie pour synthétiser des éléments plus lourds, car les éléments précédents de cette gamme, de 114 à 118, avaient été synthétisés à l’aide d’un faisceau de calcium 48.

Jennifer Burr, physicienne nucléaire au groupe des éléments lourds du Berkeley Lab, a souligné l’importance de cette méthode. La production de l’élément 116 à partir de titane valide cette nouvelle approche, ouvrant la voie à de futures expériences visant à produire des éléments plus lourds, comme l’élément 120.

Trouver l’article 120
Le succès de la création de l’élément 116 a ouvert la voie au prochain objectif ambitieux de l’équipe : créer l’élément 120. S’il est atteint, l’élément 120 sera l’atome le plus lourd jamais créé et fera partie de « l’îlot de stabilité », un groupe théorique d’éléments super-lourds de qui devrait être plus long que ceux découverts jusqu’à présent.

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Le laboratoire prévoit de commencer à tenter de créer l’élément 120 en 2025. Le processus devrait prendre plusieurs années, reflétant la complexité et les défis inhérents à cette recherche de pointe. Les physiciens explorent les limites du tableau périodique, s’efforçant de repousser les limites de la connaissance et de la compréhension humaines en explorant les limites de la stabilité atomique.

Cette réalisation majeure démontre non seulement la créativité des scientifiques du Berkeley Lab, mais ouvre également la voie à de futures découvertes dans le domaine des éléments super-lourds, qui pourraient ouvrir la voie à de nouvelles connaissances sur la nature fondamentale de la matière.

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