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Un nouvel outil d’IA d’apprentissage profond aide les écologistes à surveiller les oiseaux rares à travers leurs chants
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Spectrogramme Dunlin. Crédit : Nicolas Lecomte
Les chercheurs ont développé un nouvel outil d’apprentissage en profondeur alimenté par l’IA qui génère des chants d’oiseaux réalistes pour former les reconnaisseurs d’oiseaux, aidant ainsi les écologistes à surveiller les espèces rares dans la nature. Les résultats sont présentés dans Méthodes en écologie et évolution.
Identifier les espèces d’oiseaux communs par leur chant n’a jamais été aussi simple, avec de nombreuses applications téléphoniques et logiciels disponibles pour les écologistes et le public. Mais que se passe-t-il si le programme d’identification n’a jamais entendu un oiseau en particulier auparavant, ou ne dispose que d’un petit échantillon d’enregistrements auquel se référer ? C’est un problème auquel sont confrontés les écologistes et les défenseurs de l’environnement qui surveillent certains des oiseaux les plus rares du monde.
Pour surmonter ce problème, des chercheurs de l’Université de Moncton au Canada ont développé ECOGEN, un outil d’apprentissage profond unique en son genre, capable de générer des sons d’oiseaux réalistes pour améliorer l’échantillonnage des espèces sous-représentées. Ils peuvent ensuite être utilisés pour former des dispositifs de reconnaissance acoustique utilisés dans la surveillance environnementale, qui contiennent souvent de manière disproportionnée plus d’informations sur les espèces communes.
Les chercheurs ont découvert que l’ajout d’échantillons synthétiques de chants d’oiseaux générés par ECOGEN à l’ID des chants d’oiseaux améliorait la précision de la classification des chants d’oiseaux de 12 % en moyenne.
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Boîtier de surveillance audio Audiomoth, utilisé par les écologistes pour enregistrer les animaux sauvages. Crédit : Nicolas Lecomte
Le Dr Nicolas Lecomte, l’un des principaux chercheurs, a déclaré : « Compte tenu des changements mondiaux importants dans les populations animales, il existe un besoin urgent d’outils automatisés, tels que la surveillance acoustique, pour suivre les changements dans la biodiversité. Cependant, les modèles d’IA utilisés pour identifier les espèces dans le suivi acoustique manque de bibliothèques. » Référence complète.
« Avec ECOGEN, vous pouvez combler cette lacune en créant de nouvelles instances de sons d’oiseaux pour prendre en charge les modèles d’IA. Essentiellement, pour les espèces dont les enregistrements sauvages sont limités, telles que celles qui sont rares, insaisissables ou sensibles, vous pouvez étendre votre bibliothèque sonore sans perturber davantage. les animaux ou Effectuer des travaux de terrain supplémentaires.
Selon les chercheurs, créer des chants d’oiseaux artificiels de cette manière pourrait contribuer à la conservation des espèces d’oiseaux menacées et fournir des informations précieuses sur leurs vocalisations, leurs comportements et leurs préférences en matière d’habitat.
ECOGEN a d’autres applications potentielles. Par exemple, il peut être utilisé pour contribuer à la conservation d’espèces extrêmement rares, comme les méliphages en voie de disparition, chez lesquelles les jeunes individus sont incapables d’apprendre les chants de leur espèce car il n’y a pas assez d’oiseaux adultes pour les imiter.
L’outil pourrait également bénéficier à d’autres types d’animaux. Le Dr Lecomte a ajouté : « Bien qu’ECOGEN ait été développé pour les oiseaux, nous sommes convaincus qu’il peut être appliqué aux mammifères, aux poissons (oui, ils peuvent émettre des sons), aux insectes et aux amphibiens. »
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Labbe à longue queue. Crédit : Nicolas Lecomte
Outre sa polyvalence, le principal avantage d’ECOGEN est son accessibilité, puisqu’il est open source et utilisable même sur des ordinateurs basiques.
ECOGEN fonctionne en convertissant des enregistrements réels de chants d’oiseaux en spectrogrammes (représentations visuelles des sons), puis en créant de nouvelles images d’IA à partir de ceux-ci pour augmenter l’ensemble de données d’espèces rares avec peu d’enregistrements. Ces spectrogrammes sont ensuite reconvertis en audio pour former les identifiants vocaux des oiseaux. Dans cette étude, les chercheurs ont utilisé un ensemble de données de 23 784 enregistrements d’oiseaux sauvages du monde entier, couvrant 264 espèces.
Plus d’information:
ECOGEN : générez des sons d’oiseaux grâce au deep learning, Méthodes en écologie et évolution (2023). est ce que je: 10.1111/2041-210X.14239
Informations sur les magazines :
Méthodes en écologie et évolution
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Une nouvelle étude révèle le rôle crucial du calcium dans le nettoyage des cellules mortes
Des scientifiques japonais ont découvert comment la protéine Xkr4 est activée par les ions calcium pour envoyer un signal aux cellules immunitaires afin qu’elles nettoient les cellules mortes. Cette découverte, qui démontre le rôle unique du calcium dans la membrane cellulaire, pourrait fournir de nouvelles informations sur les mécanismes de nettoyage cellulaire.
Les scientifiques ont découvert que le calcium extracellulaire intervient dans l’activation d’une protéine membranaire qui agite le drapeau signalant la mort cellulaire.
Une équipe de recherche dirigée par des scientifiques de l’Institut pour la science intégrée des matériaux cellulaires (iCeMS) de l’Université de Kyoto au Japon a découvert des mécanismes par lesquels les cellules mortes activent une protéine qui déclenche un signal « mange-moi » aux cellules immunitaires pour nettoyer les débris. Les résultats ont été récemment publiés dans la revue Communications naturelles.
Rôle de la protéine Xkr4 dans la mort cellulaire
La protéine s’appelle Xkr4 et fait partie des protéines de la famille Xkr présentes dans les membranes cellulaires. Xkr4 déplace le phospholipide phosphatidylsérine de l’intérieur de la membrane cellulaire, où il se trouve normalement, vers l’extérieur. La translocation de la phosphatidylsérine vers l’extérieur de la membrane est un signal de mort cellulaire, ce qui attire les phagocytes qui dévorent les débris.
Le calcium extracellulaire pénètre dans une poche de la zone de brouillage transmembranaire, conduisant à l’activation du brouillage. Cela expose la phosphatidylsérine (PS) à la surface des cellules, qui sert de marque pour éliminer les cellules indésirables. Crédit image : Mindy Takamiya/iCeMS, Université de Kyoto
Processus d’activation Xkr4
Les chercheurs ont précédemment découvert que pour agir comme un brouillage de la phosphatidylsérine, la queue cytoplasmique C-terminale de Xkr4 doit d’abord être clivée, formant un dimère avec un autre Xkr4 et exposant le site de liaison. Ce site de liaison se connecte ensuite à un autre fragment protéique appelé XRCC4.
Cependant, la liaison de XRCC4 à Xkr4 seule n’est pas suffisante pour activer Xkr4 dans la configuration expérimentale. Cela indique qu’un autre composant est nécessaire.
Le rôle des ions calcium
L’équipe de recherche japonaise a découvert que les ions calcium sont nécessaires pour permettre l’activation de Xkr4. Les ions calcium chargés positivement en dehors de l’environnement cellulaire sont liés à trois ions chargés négativement Acides aminés Sur deux hélices sur la protéine Xkr4. Cette liaison fait passer Xkr4 d’un état intermédiaire à un état entièrement activé.
« Nous avons découvert que le calcium extracellulaire agit comme une colle moléculaire pour les hélices transmembranaires Xkr4, en les activant », a expliqué Jun Suzuki, biochimiste à l’iCeMS.
Le rôle inattendu du calcium et les recherches futures
Ce qui est surprenant, c’est que l’on sait que le calcium extracellulaire est impliqué dans la régulation de l’activité des protéines à l’extérieur et à l’intérieur de l’environnement cellulaire, mais pas à l’intérieur de la membrane cellulaire elle-même. « Ici, de manière inattendue, nous avons découvert que le calcium extracellulaire infiltre les régions des protéines transmembranaires pour lier deux hélices transmembranaires », a déclaré Suzuki.
L’étude suggère également que les ions calcium pourraient être importants pour l’activation d’autres membres de la famille des protéines Xkr, en particulier Xkr8 et Xkr9, ce qui pourrait aider à élucider les mécanismes par lesquels ces protéines et d’autres protéines scramblase fonctionnent.
La prochaine étape de l’équipe consiste à examiner la fonction de Xkr4 dans les neurones et à explorer son rôle dans le cerveau.
Référence : « Le calcium extracellulaire agit comme une colle moléculaire pour les hélices transmembranaires pour activer la scramblase. Communications naturelles.
est ce que je: 10.1038/s41467-023-40934-2
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Décoder le métabolisme des flavonoïdes : un examen plus approfondi des régimes alimentaires à base de plantes
Une équipe internationale de chercheurs a élucidé le processus par lequel les principaux flavonoïdes : la naringénine, l’apigénine et la génistéine sont métabolisés dans l’organisme. Ces résultats sont essentiels pour clarifier la relation entre le métabolisme des flavonoïdes dans l’organisme et leurs bienfaits potentiels pour la santé.
Dans un monde où les modes de vie sont de plus en plus basés sur les plantes, le pouvoir des aliments comme le brocoli, le céleri et le tofu, riches en flavonoïdes, devient de plus en plus évident. Les flavonoïdes sont des composés phénoliques produits par les plantes qui sont essentiels à la croissance et à la défense des plantes et dont on dit depuis longtemps qu’ils ont des effets thérapeutiques et préventifs contre le cancer et les maladies cardiaques. Cependant, le processus exact par lequel notre corps métabolise les flavonoïdes n’est toujours pas clair.
Une équipe internationale de chercheurs dirigée par le chercheur invité Tsutomu Shimada et le professeur Shigeo Takenaka de la Graduate School of Human Life and Environment de l’Université métropolitaine d’Osaka a mis en lumière le mécanisme d’action de trois flavonoïdes majeurs – la naringénine, l’apigénine et la génistéine – et les processus par lequel le corps les métabolise. Les analyses d’amarrage moléculaire ont révélé que les enzymes humaines modifient les flavonoïdes de la même manière que les plantes modifient les flavonoïdes.
« Les résultats de cette recherche sont fondamentaux pour clarifier la relation entre le métabolisme des flavonoïdes dans l’organisme et leurs bienfaits potentiels pour la santé », a expliqué le professeur Takenaka.
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Un astronome de l’UF illumine la région sombre de la Voie Lactée
Dans une étude récente menée par un astronome de l’Université de Floride Adam GinsburgDes résultats révolutionnaires ont mis en lumière une mystérieuse région sombre au centre de la Voie lactée. Le nuage de gaz turbulent, surnommé la « brique » en raison de son opacité, suscite depuis des années de vifs débats au sein de la communauté scientifique.
Pour déchiffrer ses secrets, Ginsburg et son équipe de recherche, dont des étudiants diplômés de l’UF Desmond Jeff, Savane GramseyEt Alyssa Politek, transformé en télescope spatial James Webb (JWST). Les implications de leurs observations, Publié dans Journal d’astrophysique,énorme. Les résultats révèlent non seulement un paradoxe au centre de notre galaxie, mais soulignent également le besoin urgent de réévaluer les théories établies sur la formation des étoiles.
La Zone Brick est l’une des régions les plus intéressantes et les plus étudiées de nos galaxies, grâce à son taux de formation d’étoiles étonnamment faible. Depuis des décennies, il défie les attentes des scientifiques : en tant que nuage rempli de gaz dense, il devrait être prêt à donner naissance à de nouvelles étoiles. Cependant, il montre un taux de formation d’étoiles étonnamment faible.
Grâce aux capacités infrarouges avancées du télescope spatial James Webb, l’équipe de chercheurs a examiné les briques et y a découvert une présence importante de monoxyde de carbone (CO) gelé. Il contient beaucoup plus de glace de dioxyde de carbone que prévu, ce qui a de profondes implications pour notre compréhension des processus de formation des étoiles.
Personne ne savait combien de glace il y avait au centre de la galaxie, selon Ginsburg. « Nos observations montrent de manière convaincante que la glace y est si répandue que toute observation future devra en tenir compte », a-t-il déclaré.
Les étoiles apparaissent généralement lorsque les gaz sont froids, et la présence importante de glace de dioxyde de carbone devrait indiquer une région prospère pour la formation d’étoiles dans les briques. Cependant, malgré cette richesse en dioxyde de carbone, Ginsburg et l’équipe de recherche ont constaté que la structure dépassait les attentes. Le gaz à l’intérieur de la brique est plus chaud que des nuages similaires.
Ces observations remettent en question notre compréhension de l’abondance du dioxyde de carbone au centre de notre galaxie et du rapport gaz/poussière critique à cet endroit. D’après les résultats, les deux mesures semblent inférieures à ce que l’on pensait auparavant.
« Avec le télescope spatial James Webb, nous ouvrons de nouvelles voies pour mesurer les molécules en phase solide (glace), alors qu’auparavant nous étions limités à l’observation du gaz », a déclaré Ginsberg. « Cette nouvelle vision nous donne un aperçu plus complet de l’endroit où se trouvent les molécules et de la manière dont elles sont transportées. »
Traditionnellement, la surveillance du CO2 se limite aux émissions du gaz. Pour détecter la répartition de la glace de dioxyde de carbone au sein de ce vaste nuage, les chercheurs avaient besoin d’un éclairage de fond intense provenant des étoiles et des gaz chauds. Leurs découvertes dépassent les limites des mesures précédentes, limitées à une centaine d’étoiles. Les nouveaux résultats incluent plus de dix mille étoiles, fournissant des informations précieuses sur la nature de la glace interstellaire.
Puisque les molécules de notre système solaire actuel étaient, à un moment donné, de la glace sur de minuscules grains de poussière qui se sont combinés pour former des planètes et des comètes, cette découverte représente également un pas en avant vers la compréhension des origines des molécules qui composent notre océan cosmique.
Ce ne sont là que les conclusions préliminaires de l’équipe à partir d’une petite partie des observations de la brique par le télescope spatial James Webb. En regardant vers l’avenir, Ginsberg vise une étude plus complète de la glace céleste.
« Nous ne connaissons pas, par exemple, les quantités relatives de dioxyde de carbone, d’eau, de dioxyde de carbone et de molécules complexes », a déclaré Ginsberg. « Grâce à la spectroscopie, nous pouvons mesurer cela et avoir une idée de la façon dont la chimie évolue au fil du temps dans ces nuages. »
Avec l’avènement du télescope spatial James Webb et de ses filtres avancés, Ginsburg et ses collègues disposent d’une opportunité la plus prometteuse à ce jour pour étendre notre exploration cosmique.
Explorez un outil de visualisation qui affiche The Brick dans le contexte galactique plus large et compare les nouvelles données JWST aux meilleures données précédentes, le télescope spatial Spitzer. ici.
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